Мультфильм Черепашки-ниндзя: Мутантский разгром

Пятнадцать лет назад Синтия Утром из зловещего Института техно-космических исследований (TCRI) охотилась на ученого-изгоя Бакстера Стокмана, который создал мутаген для формирования собственного семейства животных-мутантов. Стокман был атакован ударной группой Утром и погиб в результате взрыва, а мутаген упал в канализацию Нью-Йорка.

В настоящее время братья-черепахи Микеланджело, Леонардо, Рафаэль и Донателло воспитываются приемным отцом-крысой Сплинтером, после того как все пятеро были превращены в человекоподобных мутантов под действием мутагена Стокмана. Преследуемый людьми, Сплинтер стал не доверять людям и обучил своих сыновей искусству ниндзюцу, приказав им покидать канализацию только для того, чтобы воровать припасы. Став подростками, черепашки мечтают жить как обычные школьники, к большому сожалению Сплинтера.

Во время похода за припасами черепашки побеждают банду преступников и возвращают украденный мопед, принадлежащий подростку Эйприл О'Нил, раскрывая свое происхождение. Эйприл, начинающая журналистка, пытающаяся преодолеть неловкий вирусный инцидент с рвотой на камеру, расследует серию ограблений техники TCRI, совершенных преступником по прозвищу «Суперфлай». Черепашки планируют остановить Суперфлая и, благодаря репортажам Эйприл, завоевать признание общественности в качестве героев.

Перехватив часть украденной техники, они встречают Суперфлая под Бруклинским мостом и узнают, что он не только сам мутант, но и главарь банды таких же, как они животных. Обрадованные встречей с себе подобными, черепашки сближаются с Суперфлаем, и тот рассказывает, что они были созданы Стокманом, уклонялись от TCRI и жили на заброшенном корабле на Стейтен-Айленде. Как и черепахи, они подверглись порицанию со стороны общества, и озлобленный Суперфлай украл технологию TCRI для создания оружия, чтобы мутировать всех диких животных на планете в новый доминирующий вид и поработить человечество.

Герои пытаются вмешаться, но банда сбегает, прихватив с собой оборудование, в то время как маячок позволяет TCRI захватить черепах. В штаб-квартире TCRI черепашек мучительно «доят» для получения мутагена, но Эйприл прибывает вместе со Сплинтером, чтобы спасти их. В убежище банды Сплинтер и черепахи убеждают их в том, что их план господства сделает их не лучше худших представителей человечества, и вместе они идут к Суперфлаю, уничтожая его машину. Однако в результате слияния Суперфлая с другими обитателями близлежащих домов злодей превращается в гигантское существо, похожее на кита. Он нападает на город, черепахи и другие мутанты пытаются остановить его, но люди принимают их за пособников монстра.

Эйприл, преодолев волнение, захватывает новостную передачу, чтобы объяснить людям их добрые намерения, и жители Нью-Йорка приходят им на помощь. Леонардо обретает лидерские качества и используя импровизационный дар Микеланджело, интеллект Донателло и ярость Рафаэля, бросает канистру с антиозоном TCRI в дыхательное горло Суперфлая и превращает его обратно в обычных животных. Примирившись со Сплинтером, черепахи, Эйприл и мутанты устраивают праздник в городе. Мутанты вскоре переселяются в канализацию, а квартет поступает в школу Эйприл, где их принимают как героев.