Призрак в доспехах: Синдром одиночки

В 2033 году в Японии усилилась проблема с беженцами. Беженцы имеют особое положение и лишают работы население. Это увеличивает негативные настроения в обществе. Новая Японская администрация намерена решить проблему, путём отъёма привилегий и интеграции беженцев в общество.

В то же время внутри правительства зреют противоречия по вопросу подписания нового «договора о безопасности» с Американской империей (далее АИ). Договор предполагает создание тандема из уникального метода очистки зараженной местности от радиации «Японское чудо» с ядерной мощью АИ, или использования «Японского чуда» как противовес АИ. Руководитель комиссии по изучению стратегических влияний разведслужбы кабинета министров Кадзундо Года хочет использовать сложившуюся ситуацию и вернуть общество во времена «холодной войны». С ролью АИ как старшего брата для Японии, что по мнению Года является наиболее правильным состоянием.

Используя связи в промышленных кругах, Года создает кибермозговой вирус «одиннадцать». Внедряясь в сознание жертвы, вирус распространяет ложную идеологию о смерти ради революции и освобождения беженцев. Из-за избирательного механизма действия, вирус по сути является имитатором Годы и якобы идей 1-й группировки, то есть направленно созданным продуктом Синдрома одиночки.

Выпущенный в сеть вирус поражает сначала пилота вертолёта сил самообороны, в результате чего происходит инцидент с 11 вертолётами, а затем группу не связанных между собой индивидуалистов, в основном бывших военных. Созданная таким образом группировка, называет себя «11 индивидуалистов» в честь безвестно погибшей одноименной группировки.

Группировка совершает ряд террористических актов в отношении беженцев, провоцируя их на восстание. Финальным аккордом становится их массовое самоубийство на крыше радиовышки Киюше в Фукуоке, под объективами телекамер. Один из членов группировки, Хидэо Кудзэ, из-за особенностей своего сознания не совершает самоубийства и в дальнейшем становится лидером беженцев. Поскольку Кудзэ стал полным имитатором Кадзундо Годы, тот смог легко предсказывать все его дальнейшие действия.

Используя связи в правительстве, Года нелегально добывает оружейный плутоний на раскопках старого ядерного реактора в Синдзюку в бывшем Токио. Устраивает Кудзэ ложную сделку по покупке плутония у криминальной группировки из России. А затем, якобы от лица беженцев, закладывает ядерный заряд из полученного плутония на башне в Фукуоке, с целью убеждения общественности и правительства в наличии у беженцев плутония.

Расследование инцидентов с 11 вертолётами и «11 индивидуалистами» поручают 9 отделу. В ходе расследования сотрудники отдела начинают подозревать, что инциденты не могут быть делом рук простых беженцев.

Кадзундо Года пытается обойти, дискредитировать и унизить 9 отдел: он убирает всех свидетелей расследования Тогусы по поводу ядерного реактора в Синдзюку, использует отдел для грязной работы в деле 11 вертолётов, привлекает их к фальшивой транспортировке плутония, убирает одного из 11 индивидуалистов, на которого вышел отдел, чужими руками пытается засудить Тогусу по ложному обвинению. Ответным шагом 9-го отдела становится взлом внешней памяти Годы и выяснение его планов, а затем обезвреживание бомбы в Фукуоко, похищение и передача в «СПРИНГ-8» плутония, с целью доказательства его происхождения.

Итоговым событием становится объявление независимости беженцами на острове Дэдзима, неофициальная отставка премьер-министра и попытка нанести ядерный удар по автономии с американской подводной лодки. Благодаря усилиям 9-го отдела, в основном Татиком, и самого Кудзэ удаётся предотвратить трагедию. Хидэо Кудзэ арестовывают, а затем он умирает от рук сотрудников ЦРУ. Мотоко расстреливает Кадзундо Году за попытку покинуть страну вопреки распоряжению премьера. Страну защитили, а 9-тый отдел снова продолжил работу.

Параллельной сюжетной веткой проходят взаимоотношения Мотоко и Кудзэ. В детстве Хидзэо Кудзэ и Мотоко Кусанаги попали в авиакатастрофу и вместе боролись за жизнь находясь в одной больнице. Там Мотоко прошла полную кибернетизацию и, хоть и не сразу, но убедила Кудзэ согласиться на подобную операцию. Мотоко услышала о нём снова от женщины что хранит дорогие вещи людей что содержат воспоминания.