В детстве Бертран по настоянию родителей учился в классической музыкальной школе. Но несмотря на желание родителей, стал интересоваться рок-музыкой. Долгое время Бертран играл в рок-группе и зарабатывал на жизнь тем, что писал музыку к рекламным роликам.
В 1991 году будущий актер переехал в Монреаль, где и начал интересоваться кинематографом. В 90-х годах он вернулся во Францию. Здесь в 1996 году появилась на свет его дебютная короткометражка «Кто я есть», которую Бертран посвятил режиссеру Паоло Пазолини. Через два года Бертран снял свой первый полнометражный фильм «Что-то органическое».
В 2001 году вышел на экран фильм «Порнограф», который сделал Бертрана известным. Главную роль стареющего режиссера порнофильмов сыграл Жан-Пьер Лео. Фильм имеет легкий оттенок комедии о кризисе среднего возраста или истории на тему отцов и детей. В этом же году картина «Порнограф» выиграла приз «ФИПРЕССИ» на Каннском фестивале. С начала его карьеры в большом кино Бертран прославился как автор фильмов на сексуальную тематику.
Через два года уже более опытный и признанный критиками режиссер снял фильм «Тирезия». Здесь он отказался от четкого повествования. Поводом к созданию сюжета послужило наблюдение за проститутками-транссексуалами, которые встречаются со своими клиентами в Булонском лесу. Фильм рассказывает две истории - слепого пророка и транссексуала, причем они являются одним и тем же человеком. За данную картину в этом же году Бертран был номинирован на премию «Золотая пальмовая ветвь».
В 2006 году последовали съемки проекта «Сидни, моя кукла». На создание фильма Бертрана вдохновил проект американской фотохудожницы Синди Шерман, в котором были задействованы сексуальные куклы. По сюжету главная героиня - сама Шерман - превращается в куклу. Роль кукольной фотохудожницы сыграла знаменитая итальянская актриса Азия Ардженто.
В 2008 году Бертран выпустил следующий фильм - «На войне», где Азия Ардженто играла роль воинственно настроенной сектантки. Картина повествует о душевных смятениях режиссера, очень похожего на самого Бертрана.
Еще один известный кинопроект Бертрана Бонелло - фильм «Дом терпимости» (2011), который, кстати, был представлен на Каннском фестивале. Начало действия фильма относилось к 1899 году и происходило в элитном публичном доме. В съемках были задействованы как профессиональные, так и совершенно неопытные актеры. Бертран не фокусировался конкретно на каком-то образе, его целью было показать человеческую массу. В 2011 году фильм «Дом терпимости» был номинирован на «Золотую пальмовую ветвь», а через год и на несколько премий «Сезар».
Позже Бертран решил попробовать себя в качестве документалиста. В 2013 году режиссер снял свой первый биографический фильм, посвященный творчеству французского кутюрье Ив Сен-Лорана.
Всю свою жизнь Бертран живет между Парижем и Монреалем и не любит встречаться с журналистами.
