Родился 29 октября 1968 года в городе Мэдисон в штате Висконсин, США.
Его мать была домохозяйкой, а отец – владельцем нефтяного бизнеса. В набожной католической семье Фарли было пятеро детей. Братья Джона Кристофер и Кевин также стали актёрами, сестра Барбара работает учительницей. Ещё один брат – Том Фарли – руководит фондом Крисом Фарли, который погиб в 1997 году.
В колледже Джон Фарли специализировался в области маркетинга. Он окончил университет в 1992 году и переехал в Чикаго, чтобы принять участие в знаменитом стенд-ап шоу «The Second City». В 1998 году он приехал в Лос-Анджелес. Здесь он снялся в фильме «Маменькин сыночек» с Адамом Сэндлером в главной роли. Затем были роли в фильмах «Простая история», «Никки – дьявол младший» и другие. Джон Фарли много снимался в проектах друзей своего брата Криса Фарли, у которого было своё комедийное шоу «Субботним вечером в прямом эфире». Он участвовал в проектах Роба Шнайдера, Дэвида Спейда и других известных американских комиков.
Джон Фарли снимался в эпизодах популярных американских ситкомов «8 простых правил для друга моей дочери-подростка», «Правила помолвки» и «Меня зовут Эрл».
В настоящее время вместе со своим братом Кевином Джон работает над проектами комедийных клубов и устраивает туры по США.
