Джонатан поступил на курсы театрального дизайна. Во время обучения он был постановщиком различных спектаклей, создавал промо-ролики для телевидения и кино, которые служили для представлений артистов перед награждениями. Многие его работы для «ВВС» были удостоены наград.
В 1993 году Джонатан Глейзер активно сотрудничал с Ником Моррисоном. Вместе с продюсером из Академии Рекламы они создали сценарии для трех фильмов, а затем сняли их.
Спустя два года Глейзер отправился покорять музыкальную видеоиндустрию. Первой его работой стал клип для британской группы «Massive Attack» на песню «Karmacoma». Через пару месяцев Глейзер создал клип для американской рок-группы «Blur» на песню «The Universal». В 1997 году «MTV» присвоил Джонатану Глейзеру статус «Клипмейкер года». Его работы признаны одними из самых оригинальных.
В 2000 году вышел триллер «Сексуальная тварь». Это первый полнометражный фильм, снятый Глейзером. Бен Кингсли, сыгравший одну из главных ролей в данном кинопроекте, оказался номинантом на «Оскар».
В 2004 году вышла еще одна режиссерская работа Джонатана Глейзера - триллер «Рождение». Для этого фильма американский режиссер написал еще и сценарий. А спустя почти 10 лет в прокате появился фильм «Побудь в моей шкуре».
