Одной из первых работ перед камерой для Моргана стал полнометражный приключенческий боевик Патера Уира «Хозяин морей: На краю Земли», снятый на основе романов Патрика О’Брайана. Главные роли в картине исполнили Рассел Кроу и Пол Беттани. Лента была выдвинута на соискание премии «Оскар» в десяти номинациях, и выиграла две из них. Джозеф Морган исполнил в фильме роль капитана Уильяма Верли. Такое впечатляющее начало проложило путь к работе в следующем большом проекте. В 2004 году актер получил приглашение на роль Филотаса в исторической картине Оливера Стоуна «Александр», повествующей о жизни прославленного полководца Александра Македонского. Партнерами Моргана по съемочной площадке стали такие звезды кинематографа, как Колин Фаррелл, Анджелина Джоли, Энтони Хопкинс, Вэл Килмер и Джаред Лето. Несмотря на интересный актерский состав, лента прошла с переменным успехом. Помимо полнометражных работ, Джозеф принимал активное участие в различных телевизионных проектах и сериалах. Так, например, он исполнил роли в британском комедийном телесериале «Доктор Мартин», где образ главного персонажа воплотил комик Мартин Клунз. А в 2007 году Морган получил приглашение в телесериал «Мэнсфилд-парк», который был основан на одноименном романе Джейн Остин. Актеру досталась роль Уильяма Прайса. В 2007 году Джозеф принял участие в создании комедийной драмы Хармони Корин «Мистер Одиночество». В этом проекте актеру предстояло воплотить на экране образ культового американского актера 50-х Джеймса Дина. Затем последовала работа в британском детективном сериале «Немой свидетель» и медицинской драме «Несчастный случай». В 2010 году произошел небольшой скачек в кинематографической карьере Джозефа. Актер получил приглашение на главную роль в телевизионном фильме Стива Шилла «Бен-Гур». Шумного успеха проект не имел, но помог актеру вернуться на экраны после ряда незначительных работ. Следующий проект, наконец, принес долгожданную популярность. Морган был приглашенной звездой во втором сезоне подросткового фэнтезийного триллера «Дневники вампира». В третьем сезоне его герой Клаус стал постоянным действующим лицом в сюжете, и главным антагонистом в истории. Несмотря на относительно слабые рейтинги при запуске первого сезона, ко второму сериал уже вызывал общее одобрение и похвалы критиков. В 2010 и 2011 годах проект неоднократно выдвигался на престижные молодежные кинопремии. Он получил многочисленные номинации и награды от Teen Choice Award, премиях «Сатурн» и «Выбор народа». Джозеф Морган был отмечен в номинации Teen Choice Award 2011 как лучший «Злодей». В ближайшем будущем запланирован выход спин-оффа «Первородные», где актер исполнит главную роль вампира Клауса Майклсона.
