В 2003 году Крупенина воплотила образ корреспондентки в «Прогулке» режиссера Алексея Учителя. Актриса снялась в роли Сони в «Только ты, или Богатая Лиза». В «Стервах, или Странностях любви» она сыграла художницу Яну. В 2004 году актриса приняла участие в съемках «Кавалеров морской звезды». В 2005-2006 годах она играла Аграфену Митрофанову в телесериале «Адъютанты любви». Тогда же она воплотила образ Эмилии Верзилиной в «Из пламя и света», придворную в «Слуге государевом», Елену в «Билете в гарем» и жену Шаха в «Грозовых воротах». Также в 2005 году актриса снялась в «Авантюристке».
В 2007 году она сыграла в «13 несчастьях Геракла», в том же году появилась в роли Анны в одной и серий телевизионного сериала по романам Дарьи Донцовой «Иван Подушкин. Джентльмен сыска-2». В ситуационной комедии «Однажды в Милиции» Екатерина Крупенина снялась в роли майора Анну Кондратьевну. В 2010 году актриса сыграла в новелле «Никитские ворота» кинокартины «Москва, я люблю тебя». Тогда же она появилась в роли Веры в фильме «Золотая рыбка в городе N».
В театре Крупенина играла роль Панночки в гоголевской постановке «Тарас Бульба» режиссера Петра Фоменко. В спектакле «Поздняя любовь» режиссера Е. Принцева она воплотила образ Людмилы. В шекспировской «Мере за меру» актриса появилась в роли Изабеллы.
Среди достижений Екатерины Крупениной – 2 место на чтецком конкурсе ГИТИС (читала «Метель» А.С. Пушкина), также она была отмечена на Чеховском фестивале, будучи занята в проекте «Свиньи» П.П. Пазолини.
