Елизавета Сергеевна играла на сцене Драматическом театре им. К. С. Станиславского. Актрисе доставались преимущественно характерные роли. Среди сценических работ артистки особого внимания заслуживают: Машенька – в постановке Афиногенова с одноименным названием, Герда – в «Снежной Королеве», Васса – в спектакле «Васса Железнова» и Антигона – в «Ануе».
Кинокарьера Елизаветы Сергеевны стартовала в 1962 году с роли в фильме Владимира Кочетова «Чудак-человек». Спустя год она сыграла в мелодраме Бориса Барнета «Полустанок». Затем молодая актриса приняла участие в ленте Элема Климова «Похождения зубного врача» и комедии Александра Алова и Владимира Наумова «Скверный анекдот». Далее фильмография Никищихиной пополнилась ролями в таких кинокартинах, как «Любить», «Вчера, сегодня и всегда», «Про Клаву Иванову», «Только три ночи» и «Расплата».
В начале 70-х актриса отметилась работами в фильмах «Расплата», «Шаг с крыши», «Месяц август», «Минута молчания», «Расскажи мне о себе» и «Хозяин». В 1979 году Елизавета Никищихина исполнила одну из самых главных ролей в своей фильмографии – Машу в детском телефильме Константина Бромберга «Приключения Электроника». В начале 80-х актриса сыграла в таких небезызвестных кинокартинах, как «Покровские ворота», «Чародеи» и «Пеппи Длинный чулок».
Затем Никищихина отметилась ролями в фильмах «Время летать», «Без солнца», «Обида», «Цвет корриды», «Дикарь», «Светик», «Во бору брусника» и «Очарованный странник».
Также за свою актерскую карьеру Елизавета Никищихина засветилась в нескольких телевизионных сериалах, среди которых – «Женщины, которым повезло», «Противостояние», «Мертвые души» и «Рассказы о Кешке и его друзьях».
В 90-е годы приняла участие в кинолентах «Я свободен, я ничей», «Провинциальный бенефис» и «1000 долларов в одну сторону».
Елизавета Никищихина скончалась 27 ноября 1997 года.