Кеннет Лонерган родился в Бронксе (Нью-Йорк) в семье врачей. Его мать - еврейка, а отец — ирландец. Кеннет учился в очень сильной частной школе на Манхэттене с глубоким изучением театрального искусства, именно там он заинтересовался сценарным мастерством и начал писать пьесы. Затем он изучал драматургию и режиссуру в Уэслианского университета и учился в Университете Нью-Йорка.
Его первая пьеса под названием The Rennings Children была выбрана для участия на фестивале Сондхайм в 1982 году, который поддерживает юных драматургов.
Первый театральный успех пришёл к Лонергану с одноактной пьесой This Is Our Youth (1996). За ней последовали биографическая пьеса The Waverly Gallery (1999) и Lobby Hero (2002). В спектакле по его пьеса «звездный посланник» в 2009 году главные роли сыграли Дж. Смит-Камерон и Мэттью Бродерик.
Впервые имя Кеннета Лонергана появилось на экранах в начале 90-х, когда он выступил одним из сценаристов мультсериала «Даг» канала Nickelodeon. Позже Лоннерган написал сценарий к известному фильму Хэрольда Рэмиса «Анализируй это» и уже через год сам снял фильм «Можешь рассчитывать на меня», за который получил «оскаровскую» номинацию. В 2003 году был написан сценарий к успешным «Бандам Нью-Йорка», и в 2011 году Лонерган снял драму «Маргарет» с Анной Пэкуин о переживаниях старшеклассницы нью-йоркской школы.
В 2016 году на мировые экраны вышел фильм «Манчестер у моря», участник множества кинофестивалей. Эта трогательная драма с Кейси Аффлеком и Мишель Уильямс имеет все шансы получить свой «Оскар» в 2017 году.