О карьере актёра Малкольм МакДауэлл не мечтал, однако всерьёз увлекся актёрским мастерством на специализированных курсах, пойти на которые будущую звезду уговорила его приятельница. По их окончании МакДауэлл начал играть на сценах провинциальных театров.
Дебют Малкольма МакДауэлла на крупной театральной сцене состоялся в 1962 году в спектакле «Генрих V». Эта роль получила высокие оценки критиков и одобрение искушённой театральной публики. В 1964 году актёр получил место в Королевской Шекспировской труппе, в которой проработал около полутора лет. Параллельно Малкольм МакДауэлл начал работать на британском телевидении.
В 1967 году Малкольм МакДауэлл волей случая попал в поле зрения режиссёра Линдсея Андерсона, который спустя год предложил актёру роль в фильме «Если...». Эта картина принесла МакДауэллу мировой успех и предложения о сотрудничестве от ведущих мировых режиссёров. В 1971 году актёр сыграл в картине Стэнли Кубрика «Заводной апельсин», получив не только международное признание, но и престижную номинацию на премию «Золотой глобус».
В 1980 году Малкольм Макдауэлл сыграл в скандальной ленте «Калигула» Тинто Брасса, ставшей кульминационной в его кинематографической карьере, однако до конца 1980-х годов актёру не предлагали ни одной крупной роли.
Возвращение на большой экран состоялось в начале 90-х: Малкольм Макдауэлл сыграл роль адмирала Толвина в мультимедийной картине «Wing Commander III», а также в телевизионном сериале «Звёздный путь: Поколения». На его счету также роли в фильмах «Времена сердца», «Меч короля Артура», «Садовник», «О, счастливчик!» и «Госпиталь Британия». В общей сложности в послужном списке Малкольма Макдауэлла более 70 ролей.
В настоящее время Малкольм Макдауэлл успешно работает на американском телевидении, увлекается изучением антиквариата и посещением аукционов, коллекционирует игрушечные грузовики. С 1993 года актёр женат на Келли Керр, пара воспитывает сына.