Фассбиндер родился 31 мая 1945 года в Баварии в семье врача и переводчицы. В 1951 году родители развелись, мальчик остался жить с матерью. Ей приходилось нелегко, она много работала и частенько, чтобы сын не мешался ей под ногами, отправляла его в кинотеатр. Как позже он признавался, он ходил в кино каждый день, «проглатывая» иногда по три фильма за раз.
Фассбиндер с детства был бунтарем и нонконформистом. Уже в 15 лет он открыто заявил о своей нетрадиционной сексуальной ориентации, бросил школу и пошел сам зарабатывать деньги.
В 1964 году Райнер поступил в театральную студию в Мюнхене, параллельно учебе он работал в качестве статиста в театрах, писал пьесы и сценарии. В 1968 году он с единомышленниками организовывает «Антитеатр» и вскоре становится его идейным лидером.
В конце 60-х годов Фассбиндер вместе с коллегами по Антитеатру снимает свои первые фильмы: «Любовь холоднее смерти», «Катцельмахер» (этот фильм был удостоен нескольких престижных федеральных кинонаград), «Боги чумы».
Первый коммерческий успех пришел к режиссеру с фильмом «Торговец четырех времен года», а признание на международном уровне с фильмом «Страх съедает душу», который был удостоен 2 наград на Каннском кинофестивале.
В 1977 году Фассбиндер снимает фильм «Отчаяние», который критики сравнивают по уровню мастерства и глубины с творчеством Висконти и Бергмана.
Самым громким фильмом Фассбиндера становится «Замужество Марии Браун» (1978 г.), в котором снялась одна из двух его официальных жен, его муза, Ханна Шигула.
Почти год (с июня 1979 г. по апрель 1980 г.) уходит у режиссера на съемки самого его амбициозного и дорогого проекта: 14-ти серийного телевизионного фильма «Берлин - Александерплац».
Последним фильмом в его карьере становится экранизация одноименного романа Жана Жене «Керель» (1982 г.) о похождениях матроса-гомосексуалиста во французском порту.
Фассбиндер всегда жил на пределе своих возможностей: принимал наркотики, много пил, имел многочисленные любовные связи, снимал по 3-4 фильма в год, открыто выражал свое сочувствие «Фракции Красной Армии», за что его подвергали травле и лишали работы.
Он знал о производстве фильмов абсолютно все, на своих картинах выступал в качестве продюсера, сценариста, режиссера, монтажера, композитора и актера.
Фассбиндер умер от передозировки наркотиков в возрасте 37 лет. За свою короткую жизнь он успел снять 43 фильма. Даже в комнате, где он был найден мертвым, лежал недописанный им сценарий, в свои последние часы он работал над историей Розы Люксембург.
