Спайк Джонз родился 22 октября 1969 года в американском городе Роквилл, штат Мэриленд. Когда Спайк был еще маленьким, его родители развелись, и он с мамой и старшей сестрой переехал в город Бетестед.
В школьные годы главными увлечениями Спайка были фотография и скейтбординг. Он тусовался и фотографировал своих друзей-скейтбордистов на тренировках и соревнованиях. Именно в то время Адам Шпигель и превратился в Спайка Джонза с легкой руки кого-то из друзей.
По окончанию школы Спайк переезжает в Лос-Анджелес и в качестве фотографа начинает сотрудничать с двумя изданиями, посвященными экстремальным видам спорта.
В начале 90-х Спайк Джонз снимает рекламные ролики и музыкальные видеоклипы в качестве сценариста и режиссера. Он создает потрясающие, оригинальные коммерческие ролики для таких компаний, как «Adidas», «Nike», «Coca-cola», становится постоянным автором клипов для Бьйорк, Fatboy slim, Beastie boys, R.E.M. и многих других. За клип на композицию группы Beastie boys «Sabotage» Джонз был назван лучшим режиссером на церемонии награждения премии «MTV Music Awards» 1994 года.
Его режиссерский дебют в большом кино состоялся в 1999 году и оказался более, чем успешным. Комедия «Быть Джоном Малковичем» со звездным актерским составом: Джон Кьюсак, Кэмерон Диаз, Джон Малкович, поразила всех самобытностью, юмором и свежестью идей. Фильм в общей сложности получил 55 наград на различных кинопремиях и фестивалях, а также был номинирован на три премии «Оскар», в том числе и за лучшую режиссуру.
В 1999 году также состоялся и актерский дебют Джонза. Он снялся в комедийном боевике «Три короля», где вместе с ним играли Джордж Клуни и Марк Уолберг. Актерское дарование Джонза было тепло встречено критиками, и его игра была отмечена несколькими наградами.
В 2000 году Спайк принимает участие как сценарист в создании программы «Чудаки» для канала MTV, в которой герои развлекают зрителей своими безумными экспериментами: спускаются с горы в тележке из супермаркета, прыгают в лужи грязи с тарзанки и т.п. Программа имела оглушительный успех у молодой аудитории канала, и Спайк Джонз до сих пор сочиняет и снимает все новые программы и фильмы с героями передачи.
В 2002 году Спайк режиссирует картину «Адаптация» с Николасом Кейджем и Мерил Стрип, за которую его номинируют на премию «Золотой Глобус». В 2009 году он выступает в качестве режиссера и сценариста экранизации одноименной детской книги «Там, где живут чудовища» про мальчика, который дружит с воображаемыми огромными существами.
В 2013 году Спайк Джонз становится обладателем премий «Оскар» и «Золотой Глобус» за сценарий к фильму «Она». Он также выступил и режиссером этой романтической мелодрамы, в которой снялись Хоакин Феникс, Эми Эдамс и Скарлетт Йоханссон.
В 1999 году Спайк Джонз женился на кинорежиссере Софии Коппола, но в 2003 году брак распался. В настоящее время Спайк Джонз не женат.
