Родился 12 марта 1968 года в Калифорнии. Его мать была поэтессой и детской писательницей, а отец – экспертом в области информационных технологий. Юность Аарона прошла в Англии, куда его семья переехала после того, как ему исполнилось тринадцать. Там же мальчик начал играть в школьных театральных постановках. Позднее семья переехала в австралийский Сидней. В какой-то момент он бросил школу до окончания и отправился на Гавайские острова, где в свое удовольствие катался на серфе и провел там год, после чего два года посвятил служению в качестве миссионера Церкви Иисуса Христа святых последних дней во Франции и Швейцарии. После возвращения в США Экхарт поступил изучать кинопроизводство в Университет Бригама Янга, сначала в гавайское отделение, а затем перевелся в штат Юта, закончив его в 1994 году. Во время учебы он познакомился с молодым режиссером Нилом ЛаБутом и играл в нескольких его театральных постановках, а спустя годы - в снятых им фильмах. Кроме того, в тот период Аарон снялся в мормонском фильме «Божья скорбь». Также в 1992 году (еще будучи студентом) он исполнил роль в триллере «Повторно не судят». Следующими заметными лентами с его участием стали «Избиение младенцев» и «Чужие в семье».
После окончания университета Экхарт переехал в Нью-Йорк, где обзавелся агентом и первое время брался за различные подработки. Так, он был барменом, водителем автобуса и строителем. Постепенно актерская карьера развивалась, в 1997 году ему уже досталась главная роль в фильме «В компании мужчин», а на следующий год - в комедийной драме «Твои друзья и соседи» и триллере «Кровавый четверг». Популярность Экхарта также росла, в этом ей способствовали такие картины, как мелодрама «Молли» и спортивная драма Оливера Стоуна «Каждое воскресенье» с Аль Пачино и Кэмерон Диаз в главных ролях. Удачным вышел очередной совместный проект Аарона Экхарта и Нила ЛаБута – комедийная мелодрама «Сестричка Бетти», хотя основные роли там сыграли Морган Фриман и Рене Зельвегер. А вскоре Аарону достается роль в паре с Джулией Робертс в картине Стивена Содеберга «Эрин Брокович», пользующейся большим успехом у зрителей.
Все последующие годы Аарон Экхарт активно снимается в различных проектах. Наиболее заметными стали такие ленты, как криминальная драма «Обещание» с Джеком Николсоном в главной роли, детективная драма «Одержимость», где его партнершей по съемочной площадке выступила Гвинт Пэлтроу, фантастический боевик «Час расплаты», снятый по роману Филиппа Дика, комедийная мелодрама «Порочные связи» и, принесшая номинацию на «Золотой глобус» картина «Здесь курят». В 2006 году Аарон вместе с Джош Хартнетт и Скарлетт Йоханссон сыграла в драме Брайана Де Пальма «Черная орхидея», а следующий год отметился ролью шеф-повара в комедийной мелодраме «Вкус жизни». В 2008 году на экраны кинотеатров вышел блокбастер Кристофера Нолана «Темный рыцарь», где нашлась роль и для Аарона Экхарта, что, безусловно, сказалось на его известности. Следом свет увидела мелодрама «Любовь случается», где Аарон исполнил главную роль в паре с Дженнифер Энистон. А одной из последних ярких работ стали картины «Кроличья нора» и «Ромовый дневник» с Джонни Деппом в главной роли.
В свободное время Аарон Экхарт занимается фотографией, а вечеринки и алкоголь с сигаретами для него остались далеко в прошлом благодаря гипнозу.