Окончив колледж при Дублинском Университете, Брендан уехал в Лондон, где поступил в Королевскую Академию драматического искусства. По завершении обучения стал работать в различных лондонских театрах, приобретя известность в основном за счет сильных ролей в постановках по пьесам Чехова и Шекспира. Вернувшись через некоторое время в Дублин, Брендан занялся преподаванием драматического искусства и английского языка.
На экране дебютировал достаточно поздно, в возрасте 34 лет, снявшись в 1990 году в телефильме «Поле». После нескольких незначительных ролей обратил на себя внимание Мэла Гибсона, который пригласил Брендана Глисона поучаствовать в съемках своей эпической картины «Храброе сердце», вышедшей на экраны в 1995 году. Яркая роль Хэмиша Кэмпбелла в этом масштабном проекте, отхватившем пять «Оскаров», сразу принесла Глисону известность. С этого момента он стал регулярно появляться на экранах в крупнобюджетных лентах.
В 1996 году вместе с такими актерами, как Джулия Робертс и Лиам Нисон, Brendan Gleeson снялся в военной драме «Майкл Коллинз», а в следующем году Брендан Глисон появился сразу в шести картинах, причем в двух из них сыграл главные роли – в драме «Дальнейший жест» и триллере «Турбулентность». В 1999 году актер снялся в главной роли в англо-ирландской ленте «Генерал» режиссера Джона Бурмена, сыграв знаменитого ирландского вора и грабителя Мартина Кэхилла по прозвищу «Генерал».
В эпической драме «Троя» Брендан Глисон появился в роли спартанского царя Менелая, после чего в «Бандах Нью-Йорка» Мартина Скорсезе сыграл Уолтера Макгинна. Особо следует отметить работу актера в криминальной драме «Залечь на дно в Брюгге» 2007 года, где он сыграл в блестящем дуэте с Колином Фарреллом. За роль в этой картине Брендан Глисон номинировался на «Золотой Глобус». В фильме «Гарри Поттер и Кубок Огня» актер исполнил роль профессора Аластора Грюма, появившись затем еще в двух лентах о Гарри Поттере.