Кинодебют Дэниэла состоялся в телефильме «Too Good to Be True» в 1988 году, за которым последовали успешные роли в лентах «Харлей Дэвидсон и ковбой Мальборо», «Рожденный четвертого июля», «Герой». В 1990 году актер вновь вернулся на телеэкраны, на этот раз в коротком ситкоме «Sydney». В числе популярных сериалов с участием Дэниэла Болдуина «За гранью возможного», «Гавайи 5.0», «Чарльз в ответе», «Гримм», «Детектив Раш». За более чем 30-летнюю карьеру вышло свыше 130 фильмов и сериалов, в которых снялся актер.
Работать в качестве режиссера и продюсера Дэниэл начал в начале 2000-х. Его проектами стали «Fall», «Туннель», «Голый свидетель», «На взводе», «Темная реальность», «The Wisdom to Know the Difference». Для последнего фильма актер написал сценарий.
В 2009 году Болдуин переехал в Лейк Освего, штат Орегон, в пригород Портленда, где запустил собственную продюсерскую компанию «Grilletto Entertainment».
В 2014 Дэниэл Болдуин выиграл в номинации «Лучший актер второго плана» в рамках Международного кинофестиваля в Мадриде за роль в фильме «Хелен одна».
Актер неоднократно становился героем американских телевизионных реалити-шоу, среди которых «Celebrity Fit Club», «I’m a Celebrity…Get Me out of Here!», «Celebrity Rehab with Dr. Drew» и «Celebrity Wife Swap».
