Джей родился 20 февраля 1978 года рядом с Лос-Анджелесом в городе Монтебелло, штат Калифорния. Матерью Эрнандеса была секретарь и бухгалтер Исида Мальдонадо, а его отец, Хавьер Эрнандес Старший, работал автомехаником. Помимо Джея, родители воспитывали также двух его старших братьев - Микаэля и Габриэля, а также младшую сестру Амелию. Эрнандес был американцем уже в четвертом поколении. Его предки некогда перебрались в Соединенные Штаты из соседней Мексики. Джей поступил в технический институт Don Bosco Technical Institute, расположенный в городке Розмид, штат Калифорния, но очень скоро был переведен в среднюю школу Schurr High School. Судьба Эрнандеса круто изменилась после случайной встречи с агентом по поиску талантов, который заметил мальчика, вместе с которым всего-навсего ехал в лифте одного из высотных зданий Лос-Анджелеса. Говард Тайнер предложил Эрнандесу попробовать себя в качестве актера и начать карьеру в Голливуде. Именно агент оказал содействие в поступлении Джея в актерскую школу, а позднее занялся организацией кастингов и подбором ролей. Кинематографический дебют Джея состоялся в 1998 году. Первой стала роль Антонио Лопеза в комедийном телесериале Мигеля Хигуеры, Гарри Мюррея и Патрика Малони «Провисшее время». Через год он сыграл Хосе в ситкоме Фрэнка Боннера, Гари Симокава и Мэри Лу Белли «USA High». А еще через год Эрнандес был выбран на главную мужскую роль в картине Алекс Муноз «Living the Life». Первый успех пришел к актеру в 2001 году, когда режиссер Джон Стоквелл пригласил Джея на главную роль в своей новой драме «Безумная и прекрасная». Его партнершей по съемочной площадке стала Кирстен Данст. Героем Эрнандеса стал выходец из семьи мексиканских эмигрантов Карлос Нуньес. По сюжету картины он встречается и начинает роман с представительницей американской элиты, обеспеченной девушкой Николь Окли. Эта работа принесла актеру номинацию на премию ALMA Award в категории «Лучший актер игрового кино». Параллельно с этим шли съемки детективного триллера Джона Дала «Ничего себе поездочка», главные роли в котором исполнили Пол Уокер и Лили Собески. В 2002 году Джей, наряду с Денисом Куэйдом и Рэйчел Гриффитс, принял участие в съемках спортивного семейного фильма «Новичок», созданного на студии Walt Disney Pictures. Сюжет ленты был основан на реальных событиях и повествовал историю тренера Джима Морриса, решившего попасть в высшую бейсбольную лигу и не упустившего свой шанс. В 2004 году Эрнандес появился в образе Дэлтона в боевике Джозефа Кана о мотогонщиках «Крутящий момент». Его партнерами в этой работе стали Мартин Хендерсон и Айс Кьюб. Следующей значительной лентой в фильмографии актера стал садистский фильм ужасов Элайя Рота «Хостел». Эрнандес исполнил в картине главную роль американского студента Пэкстона, в поисках сексуальных развлечений вместе с приятелями попавшего в леденящую кровь передрягу. Эта работа также была отмечена номинацией на премию Teen Choice Awards. Одну из ключевых ролей Эрнандес сыграл в 2008 году в фильме ужасов Джона Е. Даудла «Карантин», где его партнерами стали актриса Дженнифер Карпентер и бас-гитарист группы Iron Maiden Стив Харрис. В 2010 году Джей вместе с Полом Уокером и Мэттом Диллоном принял участие в работе над криминальным боевиком Джона Льюсенхопа «Мальчики-налетчики».
