Прежде чем заняться режиссурой, Джонстон работал над визуальными эффектами в фильмах «Звездные войны: Эпизод 4 — Новая надежда», «Звездные войны: Эпизод 5 — Империя наносит ответный удар», «Звездные войны: Эпизод 6 — Возвращение Джедая» и «Индиана Джонс: В поисках утраченного ковчега», за участие в котором он получил премию Киноакадемии за лучшие визуальные эффекты.