В 2011-м Карнахан написал сценарий и снял триллер «Схватка» с Лиамом Нисоном. Ранее режиссёр и актёр встречались на съёмочной площадке полнометражного ремейка телесериала «Команда «А»». Следом за культовым фильмом 2007 года «Козырные Тузы» Карнахан снял полицейскую драму «Наркобарон», премьера которой состоялась на Кинофестивале в Сандэнсе в 2002 году. За эту картину Карнахан был номинирована на Independent Spirit Award в категории «Лучший режиссёр». Полнометражным дебютом Карнахана стал фильм «Кровь, наглость, пули и бензин» – он написал сценарий, снял картину и сам сыграл главную роль. Фильм был показан на Кинофестивале в Сандэнсе в 1998 году.
Для ТВ Карнахан снял пилотный эпизод популярного сериала NBC «Чёрный список», выступив также исполнительным продюсером и консультантом. Эпизод Luther Braxton показал самый высокий рейтинг в истории сериала, собрав у экранов 30 млн зрителей. Карнахан также выступил создателем сериала NBC «Положение дел» с Кэтрин Хайгл в главной роли.
В 2002 году Карнахан написал сценарий и снял короткометражный фильм The Hire: Ticker по заказу BMW. Картину спродюсировал Ридли Скотт, главные роли сыграли Клайв Оуэн, Дон Чидл, Рэй Лиотта и Ф. Мюррэй Абрахам. Карнахан написал сценарии ремейка фильма «Жажда смерти» с Брюсом Уиллисом, полицейской драмы Warner Brothers «Гордость и слава» с Колином Фарреллом и Эдвардом Нортоном и спродюсированного Джерри Брукхаймером криминального боевика «Плохие парни навсегда» с Уиллом Смитом и Мартином Лоуренсом.
Джо Карнахан написал сценарий пока не получившего названия комедийного боевика Мэла Гибсона студии STX. Карнахан живёт в Пасадене (Калифорния).
