Джонатан Коля Фавро родился 19 октября 1966 года в нью-йоркском районе Квинс, США, в семье учителей. Мама Джона умерла от лейкемии, когда сыну было 13 лет. По окончании престижной Высшей школы наук в 1984 году, он поступил в Квинс-колледж, но учился там недолго. Имея гремучую смесь еврейской, французской, итальянской кровей, он просто не мог поступить иначе как пойти в актеры. Фавро отправился в Чикаго, где вступил в театральную импровизационную труппы ImrovOlympic. Джон Фавро рассказывал: «Я начал свой собственный маленький бизнес, занимаясь анимацией, в то же время бегал на прослушивания и мыл посуду в едальных заведениях Чикаго». Однако Джо мечтал сниматься в кино, а для этого надо было двигаться в Лос-Анджелес, куда он собственно и направился. Несколько лет Джо Фавро снимался в небольших ролях в неприметных фильмах.
Первая интересная работа у актера появилась в начале 90-х. Он сыграл в картине «Руди» (1993), на съемках которой познакомился с актером Винсом Воном. С Винсом они не просто стали большими друзьями, но продолжили вместе работать над многими проектами, которые им обоим принесли успех и популярность. Далее Фавро «засветился» в сериале «Сайнфелд» (1994), последовали незаметные роли, но в заметных картинах, например, «Бэтман навсегда» (1995). И Джон решил запуститься с собственным проектом, идею которого вынашивал давно. Он сам написал сценарий к фильму. Режиссером стал Даг Лайман, а продюсером – Джон Фавро. Одну из главных ролей сыграл сам Джон, а другую – друг Винс Вон. Картина получила название «Тусовщики» (1996): Майк Смит расстался с возлюбленной и отправился в Голливуд. Но там быстро найти новую подружку не получилось. Он активно проводил время в бесконечных поисках, бороздя ночные клубы, и однажды встретил группу молодых людей, которые с удовольствием снабдили его советами, как наладить жизнь. Фильм собрал хорошую кассу, понравился зрителям. Вдохновленный успехом, Джон Фавро ввязался в съемки новых картин, но они провалились. Затем актер воплотил на экране легенду американского бокса в телевизионном фильме «Рокки Марчиано» (1999), исполнил главные роли в спортивной комедии «Замена» (2000) и в романтической комедии «Любовь и секс» (2000).
В 2001 году Джон Фавро дебютировал как режиссер. Он снял комедию «Все схвачено» о приключениях двух друзей, боксеров-любителей. Фавро написал сценарий, выступил как продюсер, в одной из главных ролей он задействовал своего друга Винса Вона, а в другой снялся сам. О своем режиссерском подходе Джон Фавро рассуждает так: «Я не командую людьми. Гораздо легче манипулировать актерами, чем откровенно обсуждать с ними роль. Очень просто сказать что-то милое, успокоить, а затем за спиной творить, что хочешь. Трудно быть с людьми прямолинейными, честными, потому что работа к этому не приспособлена». Далее режиссерско-актерская жизнь Джона Фавро, можно сказать, потекла, как по маслу. Он сыграл в картинах «Сорвиголова» (2003), «Большая пустота» (2003), «Любовь по правилам и без» (2003). В качестве режиссера сделал полюбившиеся зрителям фильмы «Эльф» (2003), «Затура: Космическое приключение» (2005). Но самое хитовое произведение Фавро с точки зрения коммерческого успеха «Железный человек» (2008) – научно-фантастический боевик, рассказывающий о приключениях одноименного персонажа комиксов компании Marvel. Картина собрала в мировом кинопрокате более полумиллиарда долларов. Одним словом, Джон Фавро поймал коммерческую волну, которая несет его к успеху.
В 2000 году Джонатан женился на Джойе Тилем, которая родила ему троих детей. Он счастлив и полон планов: «Я очень заинтересован работать в 3D, я думаю, что этот формат задержится в нашем кино, я думаю, что это фантастически интересный способ рассказа истории, который дает тебе возможность влиять на людей почти как во сне. Ты контактируешь со зрителем совершенно на другом уровне. Мне нравится эта идея».