Окончив школу в Сан-Диего, Джонни уехал в Европу, где прожил 13 лет, пока его отец служил в Воздушных Силах Америки.
Впервые актер появился на съемках сериала «Путеводный свет». Сюжет многосерийного фильма концентрируется на отдельных моментах жизни священника в придуманном пригороде Чикаго.
Среди выдающихся работ актера фильмы «Слезы солнца», «Спартанец» и «Беги без оглядки». Однако известность Джонни Месснеру принесли роли Билла Джонсона в триллере «Анаконда 2: Охота за проклятой орхидеей» и детективного агента Джека Хейла в телесериале «Аномалия».
Последняя работа актера в кино - участие в съемках боевика «Великий уравнитель». Герой Месснера в фильме «Слезы солнца» стал прообразом для персонажа компьютерной игры «Killzone 2».
В 2010 году Джонни вступил в брак с актрисой Кэтрин Моррис. Кэтрин родила артисту двух сыновей-близнецов - Рокко МакКуини и Джэймсона Уэста.
