Родился в 1978 году в Канаде (Ванкувер), однако в течение восьми лет жил в Калифорнии, так как мать Джошуа работала кастинг-директором и отбирала актеров в телевизионные и кинопроекты. В 1986 году семья вернулась обратно в Канаду, и Джошуа загорелся идеей стать актером. Мама, которая знала всю непростую кухню актерства изнутри, запала сына не одобряла, но, тем не менее, решила показать ему мир кино, в надежде, что он остынет. Однако одиннадцатилетнего парня заметили производители картофельных снэков, и Джошуа стал актером рекламы. Так его узнала вся страна. После телевизионного и коммерческого успеха родители уже не настаивали на том, чтобы Джошуа выбрал другую профессию, а парень начал работу с анимационным сериалом «Симпсоны», героев которого озвучивал с 1989 по 2009 год.
В 1991 году Джошуа Джексон снимается в фильме «Нечестные сердца», а параллельно с работой над кинопроектом снимается в телевизионном фильме «Расплата». В 1992 году его приглашает кинокомпания Уолт Дисней Пикчерз и дает ему одну из главных ролей в семейном фильме «Могучие утята», где Джошуа играет роль Чарли Конвея. В фильме вместе с Джошуа сыграли эпизодические роли хоккеисты Майк Модано и Безио Макрея. В 1993 году Джексон снимается в фильме «Диггер», а с 1995 по 2002 год он работает в телевизионном сериале «За гранью возможного». В 1997 году он снимается в эпизодической роли в фильме «Крик 2» режиссера Уэса Крэйвена. Славу же Джексону приносит культовый подростковый сериал, который в России вышел под названием «Лето наших надежд» («Бухта Доусона»). Основанный на фактах биографии режиссера сериала Кевина Уильямсона, фильм открыл всему миру, помимо Джошуа Джексона, имена Кэтти Холмс, Мишель Уиьямс и Джеймса Ван Дер Бика. В сериале, любимом подростками всего мира, Джексон сыграл двоечника и искушенного красавца, сына шерифа городка, где происходят события, Пэйси Уитера.
В год начала съемок «Бухты Доусона» Джошуа снялся в драме по повести Стивена Кинга «Способный ученик», сыграв роль Джоуи. В 1999 году «Способный ученик» был удостоен премии в категории «Лучший фильм ужасов года». В 1998 году помимо «Способного ученика» Джошуа снялся в фильме «Городские легенды», где сыграл роль Дэймона Брукса. Годом позже Джексон появился в фильме по мотивам романа «Опасные связи» – «Жестокие игры» режиссера Роджера Камбла. В фильме, сценарий которого был написан всего за 12 дней, Джошуа сыграл роль Блэйна Таттла. В 2000 году Джексон снялся в главной роли в триллере Роба Коэна «Черепа». Годом позже он появился с тем же перстнем, с которым играл в «Черепах» в фильме «Одиннадцать друзей Оушена» в эпизодической роли, где герой Бреда Питта учит играть в покер селебритис.
В период с 2001 по 2007 год актер участвовал в различных фильмах, но критики отметили его отличную работу в фильме «Битва в Сиэтле» (2007). Кроме того, интересна его актерская работа в драматической комедии «Тени на солнце», где он сыграл Джереми Тейлора, агента и фаната писателя, которого ему надо разыскать в солнечной Италии.
С 2008 по настоящее время Джошуа Джексон занят в сериале «Грань», где играет роль гения Питера Бишопа. В 2001 году актер получил премию «Молодой Голливуд». Много лет Джошуа состоит в романтических отношениях с актрисой Дайаной Крюгер. Актер левша, которого никогда не старались переучивать писать правой рукой.