С раннего возраста Елена Прудникова мечтала об актерской карьере. В 4 классе стала участвовать в постановках драматического кружка во Дворце пионеров в Ростове. К этому периоду относится ее первая главная роль - Герда, которую юная артистка сыграла в сказке «Снежная королева».
После школы Елена Иосифовна поступила на курс А. Карева Школы-студии МХАТ, который окончила в 1970 году. В том же году снялась киноленте «Две сестры», получив роль Люси. Это была дебютная работа актрисы в кинематографе.
Получив необходимые навыки мастерства, Елена Прудникова продолжила актерскую карьеру на сцене Драматического театра города Ростова. Проработав год в этом театре и сыграв в «Темной истории» и в «Сказках старого Арбата», Елена Прудникова решила переехать в Москву.
В 1971 году она начала работать в Театре на Малой Бронной, где практически всегда исполняла главные роли. Однако спустя пять лет ушла в Театр им. Моссовета. Самыми примечательными работами за время театральной карьеры Елены Иосифовны стали роли в «Нижинский, сумасшедший Божий клоун», «Лето и дым», «Дон Жуан», «Снятый и назначенный» и другие.
С 1973 года актриса дважды появилась в кино, сыграв роли сразу в двух фильмах «Берега» и «Исполняющий обязанности». А в 1975 году получила роль в киноленте «Вариант “Омега”», прекрасно передав характер персонажа Лотты Фишбах. Через год снова появилась на экранах, на этот раз в кинокартинах «Два капитана» и «Пропал и нашелся». В течение следующих десяти лет с ее участием вышло множество замечательных картин: «Осторожно, листопад!» (1977 год), «Младший научный сотрудник» (1978 год), «Казнить не представляется возможным» (1982 год), «Красная стрела» (1986 год), «Московская сага» (2004 год) и многие другие.
В 2010 году Елена Прудникова сыграла в киноленте «Сивый мерин».
