Эмили Анита Уотсон родилась в семье архитектора 14 января 1967 года в Лондоне. Мама Эмили была профессором английского языка и давала дочери весьма нестандарное воспитание: ее напрочь отлучили от телевизора и приобщали к литературе и играм, развивающим фантазию. Когда пришло время выбирать школу, Эмили, как и ее сестру, определили в современное учебное заведение, где детей, помимо стандартных предметов, обучали медитации и санскриту. «Я боялась идти в школу, так как там уже училась моя старшая сестра. Она была чрезвычайно хорошенькой, стройной и белокурой. А я — пухленькой, смешной и неуклюжей», - говорит актриса. Освоившись в учебном заведении, Эмили участвовала в школьных спектаклях, однако никакого уникального дарования тогда не выказывала. После выпускного она вслед за сестрой готовилась посвятить себя издательскому бизнесу. Уотстон изучала английскую литературу в Бристольском университете, где продолжила играть на студенческих подмостках. Это занятие так захватило Эмили, что после окончания университета она кардинально изменила свои планы и решила стать актрисой. Родители не одобрили ее выбор, но Эмили упорствовала. Трижды она пыталась поступить в Лондонскую студию драматического искусства, куда ее так же упорно не хотели принимать. В перерывах между поступлениями Эмили работала официанткой, секретарем, клерком. Затем девушке удалось устроиться в Королевский Шекспировский театр, где поначалу ей доверяли лишь незначительные роли. Именно в этом театре пока еще никому не известная актриса познакомилась с будущим мужем Джеком Уотерсом.
В 1994 году она дебютировала в кино в телевизионной адаптации Шекспира «Сон в летнюю ночь». Вторая ее работа в кино, которая последовала через год, сделала Эмили Уотстон знаменитой. Режиссер Ларс фон Триер пригласил никому не известную актрису на главную роль в своем ставшем культовым фильме «Рассекая волны». Роль немного странной, чистой и откровенной героини принесла Эмили Уотсон номинации на «Оскар» и «Золотой глобус». «Когда мне предложили роль, я знать не знала, кто такой Ларс фон Триер, — говорит Эмили. — В плане киноэрудиции не могла отличить локтя от задницы. И вдруг меня номинируют на «Оскар», я сижу в красивом платье среди красивых людей, раздаю первые в жизни интервью, мне предлагают новые роли и фантастические по моим представлениям гонорары. Когда мы с Джеком поженились, были готовы жить, затянув пояса, потому что театр — не самое доходное дело. А я неожиданно стала богатой, и мы купили первый собственный дом». Следом за триумфом актриса сыграла в фильмах «Метролэнд» (1997), «Боксер» (1997). А за ее работу в ленте «Хилари и Джек» (1998) Уотстон была вновь номинирована на «Оскар» и «Золотой глобус». Уотсон всегда была особенно востребована у независимых режиссеров. В 1999 году она сыграла ведущую роль в фильме Алана Паркера «Прах Анджелы», в 2000-ом - у Алана Рудольфа в мелодраме «Трикси» и в адаптации знаменитого романа Набокова «Защита Лужина» Марлен Горрис. В 2002-ом Эмили Уотстон блистала у Пола Томаса Андерсона в ленте «Любовь, сбивающая с ног», у Брэта Реннера в триллере «Красный дракон», Курта Уиммера в фантастическом боевике «Эквилибриум». Фильмография Эмили насчитывает больше трех десятков фильмов, среди которых такие известные ленты, как «Боевой конь» (2011) Стивена Спилберга и «Анна Каренина» (2012) Джо Райта.