Родилась 14 августа 1963 года на юго-востоке Франции, в семье известного композитора, поэта и шансонье Ги Беара. Детство девочки прошло в стороне от городской суеты, в сельской местности, в компании братьев и сестры. Еще в юном возрасте Эммануэль увлекалась кино и мечтала стать актрисой. Родители сперва отправили дочь в канадский Монреаль для изучения английского языка, а затем устроили на курсы актерского мастерства. Вскоре Беар получила и первую роль – в телевизионном фильме «Бег зайца по полям». В 1986-м году к ней уже пришли первая известность и премия «Сезар» за работу в картине «Манон с источников». С тех пор актерская карьера пошла в гору, предложения в новые проекты посыпались как из рога изобилия. В 1988-м году она сыграла в фильме «Налево от лифта» дуэтом с Пьером Ришаром, а в 1991-м году исполнила одну из главных ролей в драме «Очаровательная проказница». В 1992-м году с ленты «Ледяное сердце» началось сотрудничество Беар со знаменитым режиссером Клодом Соте, которое существенно отразилось на становлении Эммануэль как актрисы. Сама картина получила «Серебряного Льва» на Венецианском кинофестивале и две премии «Сезар». Плод творческого союза Соте и Беар – драма «Нелли и господин Арно», получившая «Сезар» как «Лучший фильм 1995-го года». В тот же период вышли криминальная драма «Ад» и мелодрама «Французская женщина», отмеченная рядом наград на Московском кинофестивале.
В 1996 году Эммануэль исполнила одну из ключевых ролей в американском блокбастере Брайана Де Палма «Миссия: невыполнима», ее партнером по съемочной площадке стал Том Круз. Как говорит сама Беар, она не собиралась делать дальнейшую карьеру в Голливуде: в Америке она всегда была бы лишь красивой французской актрисой, а на родине ее ценили куда больше. В последующие годы выходят такие картины с ее участием, как «Дон Жуан», «Вор жизни», «Обретенное время», «Любовники», «Салон магии» а также «8 женщин», отмеченная звездным актерским составом. За роль в последней Беар получила премию Берлинского кинофестиваля за «Выдающиеся художественные достижения». Затем свет увидели фильмы «Заблудившиеся», «Натали», «Преступление», «Д’Артаньян и три мушкетера», «Диско», «Мои звезды прекрасны», «Душа». Среди последних работ актрисы – мелодрамы «Все начинается с конца» и «Подруга на ночь», также комедия «Пока, блондинка».
В течение нескольких лет Эммануэль Беар являлась «лицом» известного брэнда Christian Dior, но, со слов актрисы, эта работа ее утомляла, так как она по натуре достаточно застенчива и не любит много общаться с людьми.