Родилась 23 июня 1983 года в Омске. В возрасте одиннадцати лет вместе с родителями переехала в столицу. Уже на следующий год Евгения обратилась в несколько модельных агентств. На тот момент ей было лишь двенадцать лет, но она выглядела значительно старше, и обладала впечатляющими внешними данными, и потому агентство Red Stars согласилось сотрудничать с девушкой. Так началась новая жизнь будущей актрисы. Однако Евгении приходилось тщательно скрывать свою профессию от отца. Всю правду она рассказала ему только в 16 лет. В этот период времени начинающая модель планировала продолжать карьеру за границей, однако ее компания не спешила продвигать подопечную, мотивируя это тем, что у нее неподходящие черты лица. Тогда Трофимова самостоятельно разослала свое портфолио в именитые мировые агентства. Ей поступило предложение о работе в Нью-Йорке и, возможно, ее судьба сложилось бы совсем иначе, но из-за того, что девушке еще не исполнилось 18, она не смогла уехать. Позже Евгения все же отправилась в Париж, где была задействована во множестве показов, но, даже несмотря на сотрудничество с культовыми модельерами, большой известности ей добиться не удалось.
Достаточно внезапно началась карьера Трофимовой в кино. В 2001 году во время кастинга для съемок в мелодраме Александра Атанесяна «Летний дождь» одно из агентств прислало режиссеру портфолио Евгении, в то время как сама она была занята в показах за границей. Атанесяну понравились внешние данные девушки, она приехала в последний день проб и получила главную роль. Параллельно с работой на съемочной площадке актрисе приходилось готовиться к школьным выпускным экзаменам. Но процесс создания фильма настолько ей понравился, что она решила продолжить карьеру в кино и после школы поступила в МГУ на театральную кафедру, где ее основным педагогом был Виталий Коняев из Малого театра.
Еще на первых курсах Трофимова вышла замуж за Атанесяна, что вызвало не только противоречивые отклики в прессе, но и неодобрение ее родителей, ведь режиссер старше Евгении на тридцать лет. В браке у пары родился сын, но спустя восемь лет они развелись. Актерская карьера Евгении развивалась неспешно. Лишь в 2004 году Трофимова отметилась в сериале «Человек-амфибия. Морской дьявол», а спустя два года сыграла в проекте своего мужа «У.Е.». Еще спустя несколько лет на экраны с ее участием вышли ленты «Пистолет Страдивари», «Близкий враг» и комедия «На измене», также снятая ее супругом. Последняя работа актрисы – картина «Пока еще жива». Свободное время она часто проводит в кондитерском магазине, который открыла в Москве вместе с друзьями.
