Родилась 13 января 1966 года в городе Волгоград. С детства Ирина была окружена творческими людьми: ее отец работал в музыкальной школе, а мама была хормейстером в театре. Оба они преподавали в консерватории. Будущая актриса очень любила танцевать, училась музыке. Когда Апексимовой было 8, родители развелись, и вместе с мамой девочка переехала в Одессу. Она поступила специализированный театральный класс. Это был ее первый шаг к славе.
Получив аттестат зрелости, Ирина сразу же отправилась в Москву и подала документы в Школу-студию МХАТ, но провалилась на испытаниях: профессорам не понравился ее одесский выговор. Апексимовой пришлось вернуться домой, и в течение следующего года она проработала в составе труппы кордебалета Одесского театра оперетты. Затем девушка еще раз попыталась поступить в столичный ВУЗ, и снова неудачно, по той же причине. Тогда Апексимова отправилась в родной Волгоград и присоединилась к труппе Театра музыкальной комедии. Год жизни в иной языковой среде позволил избавиться от специфического акцента, и в 1986 году Ирина была зачислена на первый курс Школы-студии МХАТа в мастерскую Олега Табакова. На том же потоке учился и Валерий Николаев, за которого актриса впоследствии вышла замуж.
Апексимова получила диплом в 1990-м и сразу же была принята в МХАТ им. А.П. Чехова, в котором проработала вплоть до 2000 года. За 10 лет ей довелось сыграть немало прекрасных ролей, а самыми любимыми стали баронесса Штраль в пьесе Лермонтова «Маскарад» и Елена Андреевна в спектакле «Дядя Ваня».
Первый фильм с участием Апексимовой вышел на экраны еще в 1987 году – психологическая драма Виктора Трегубовича «Башня», где актриса сыграла Ксюшу, дочь главных героев. Однако узнаваемой она стала гораздо позднее, в середине 90-х, благодаря картинам Юрия Грымова «Мужские откровения» и «Му-му» (роль француженки Жюстины), фарсовой комедии Владимира Меньшова «Ширли-Мырли».
Настоящий успех и всенародная известность пришли к актрисе в самом начале нового тысячелетия: в 2000 году на канале НТВ состоялась премьера остросюжетного телесериала «День рождения Буржуя» с Апексимовой и Валерием Николаевым, ее мужем, в главных ролях. В продолжении проекта артистка сниматься не стала: причиной стал развод супругов.
На счету Ирины немало интересных ролей: зрителям запомнилась Анна Берзинь в многосерийном фильме Первого канала «Есенин» (2005 год). В 2008-м актриса снялась в мелодраме Сергея Артимовича «Эффект домино» вместе Андреем Соколовым.
Сегодня Апексимова продолжает активно сниматься в кино и на телевидении, попробовала себя на режиссерском поприще (ее дебютная лента – «Спящая красавица» – появилась на экранах в 2008 году), возглавляет Театр Романа Виктюка.
