Свою первую награду – премию «Оби» Джон Малкович получил за игру в спектакле «Настоящий запад» (С. Шепард). После этого успеха актёр Дастин Хоффман предложил Джону Малковичу вместе поработать над пьесой «Смерть коммивояжера». (Немного позже эта пьеса была экранизирована, а Малкович был удостоен награды «Эмми».)
Дебют будущей звезды состоялся в фильме режиссёра Роберта Бентона «Место в сердце» (1984). Впервые увидев Джона на сцене, он решил, что Малкович «либо псих, либо величайший из актеров». Оригинальная внешность в сочетании с энергетикой и актёрским мастерством в тот же год принесли Джону Малковичу «Оскар» в номинации «Лучшая мужская роль второго плана».
Одной из самых видных ролей в кино стал виконт де Вальмон в фильме «Опасные связи» (1988). Диапазон актёрского мастерства Малковича позволил ему сыграть и соблазнителя Вальмона, и умственно отсталого Ленни в фильме «О мышах и людях» (1992). За свою роль убийцы в фильме Вольфганга Петерсена «На линии огня» (1993), любитель маргинальных ролей Джон Малкович удостоился второй номинации на «Оскар». Фильм «Быть Джоном Малковичем» (1999) до сих пор остаётся самой незабываемой работой актёра, ведь в нём он сыграл самого себя. Благодаря картинам «Жанна Д’Арк» (1999), «Вышибалы» (2001), «Реклама для гения» (2006), «После прочтения сжечь» (2008) и многим другим, Джон Малкович давно зарекомендовал себя одним из самых талантливых актёров современности.