В 2003 году Мюллер спродюсировал комедийную мелодраму «Акулы пера», которая открыла путь на большой экран Маттиасу Швайгхеферу и Норе Чирнер. Три года спустя он выступил продюсером получившей премию Адольфа Гримма драмы «Состав», главную роль в которой сыграл Элиас ЭмБарек. Вместе со Свеном Бургемейстером Мюллер спродюсировал триллер Марка Ротемунда «Последние дни Софии Шолль» (2004), который получил премию «Серебряный медведь», премии на Баварском, Германском и Европейском кинофестивалях, а также множество других наград. В 2005 году картина была номинирована на «Оскар» в категории «Лучший фильм на иностранном языке».
С 2007 по 2010 годы Кристоф Мюллер занимал должность генерального директора студии Senator Film Produktion. Кроме того, он сопродюсировал несколько собственных проектов, включая комедию «Полный идиот» (2007), мистический триллер «Дверь» (2009) с Мадсом Миккельсеном и Джессикой Шварц и комедийную мелодраму Андреаса Дрезена «Виски с водкой» (2009) с Хенри Хюбхеном, Сильвестром Гротом и Коринной Харфух в главных ролях. В 2010 году Мюллер выступил продюсером и соавтором сценария биографической мелодрамы Филиппа Штельцля «Гете!» с Александром Фелингом и Морицем Бляйбтроем. Картина была номинирована на премии «Лучший немецкий фильм» и «Лучшая главная роль».
С 2010 года Мюллер работал продюсером в нескольких компаниях. Он спродюсировал картину студии Constantin Film «Свадебное видео» (2012) режиссера Зенке Вортманна. В 2015-м продюсерская компания Mythos Film, основанная в 2013 году Ларсом Дитрихом, выпустила в прокат бестселлер «Он снова здесь», собравший аудиторию более чем в 2,5 миллиона зрителей.
С октября 2017 года Мюллер занимал должность гендиректора и продюсера кинематографического отдела Constantin Film Produktion. В январе 2018-го состоялось слияния Mythos Film и Constantin Film. Из недавних проектов Мюллера стоит отметить комедийную драму Маркуса Голлера 25 КМ/Ч (2018), криминальную драму «Дело Коллини» (2019) с Элиасом ЭмБареком, мюзикл «ICH WAR NOCH NIEMALS IN NEW YORK» (2019), и экранизацию романа Германа Гессе «Нарцисс и златоуст» (2020).
