Кристофер появился на свет 16 февраля 1964 года в Солфорде, Англии, в семье простых рабочих. Он стал третьим сыном Экклстонов: два его брата являются близнецами – Алан и Кит старше Кристофера на 8 лет. В юности Кристофер был вдохновлен футболом и мечтал стать профессиональным спортсменом. Однако его также увлекал театр и впоследствии молодой человек предпочел спорту драматическое искусство. Кристофер уехал в Лондон и поступил в Школу Драмы и Речи.
Тогда же он впервые вышел на профессиональную сцену в «Bristol Old Vic’s production of A Streetcar Named Desire», сыграл в пьесе «Трамвай «Желание». Последующие несколько лет актер не был востребован, поэтому нуждался в подработке – будущая кинозвезда трудилась в супермаркете, на строительных площадках. Экклстон работал даже натурщиком.
Кристофер мелькал на ТВ, в эпизодах разных сериалов, однако первую роль в кино получил только в 26 лет – в фильме «Blood Rights» (1990). Через год сыграл уже главного героя: в криминальной драме Питера Медока «Пусть получит свое» (1991) он перевоплотился в умственно неполноценного юношу, психопата, которого подбивают на преступления. Затем были ведущие роли в фильмах «Смерть и компас» (1992), «Roots» (1992), «Отшельница» (1993). Заметной стала роль детектива Дэвида Билборо в британском телесериале «Метод Крекера» (1993- 1996).
Прорывом в карьере Кристофера Экклстона оказалась работа в малобюджетной ленте Дэнни Бойла «Неглубокая могила» (1994). Этот комедийный триллер рассказывает о том, как трое безбашенных юношей находят у себя в квартире разлагающееся тело и чемодан полный денег. Друзья чемодан решают оставить себе, а от трупа просто избавиться. С этого момента начинаются их приключения в криминальном мире Британии. Кристофер сыграл главную роль вместе с Юэном МакГрегором, Керри Фоксом и Питером Мулланом. Лента собрала кипу наград – получила главный приз и награду публики на МКФ в Коньяке в 1995 году, премию за сценарий и награду публики на МКФ в Анже в 1995 году, главный приз на МКФ в Порту в 1995-ом, а также BAFTA за самый выдающийся британский фильм года и премию за лучшую работу режиссера на фестивале в Сан-Себастьян.
Так началось восхождение 30-летнего британского актера. Главный герой столь нашумевшей ленты стал популярен во всем мире. На волне триумфа Кристофера стали зазывать в свои проекты другие режиссеры. В 1996-ом он стал главным героем британского мини-сериала «Наши друзья на севере». Снялся с Кейт Уинслет в мелодраме «Джуд» (1996) и с Рене Зеллвегер в драме «Дороже рубинов» (1997). А затем присоединился к Кейт Бланшетт в исторической драме «Елизавета» (1998), получившей премию «Оскар». В 2001-ом году он сыграл с Николь Кидман в триллере Алехандро Аменабара «Другие», который номинировался на премию Венецианского кинофестиваля. В 2002-ом он вновь снялся у Дэнни Бойла в триллере «28 дней спустя».
К этому времени Кристофера Экклстона уже знали по всему миру. Впоследствии актер сыграл в ряде блокбастеров, которые только закрепили его популярность среди массового зрителя, а не только фестивального (например, «Тор 2: Царство тьмы» (2013).
Оглушительную известность ему принесла главная роль в британском научно-фантастическом сериале «Доктор Кто» (с 2005), рассказывающем о загадочном инопланетном путешественнике во времени.
В 2010-ом году 46-летний актер женился. 2 февраля 2012-ого 47-летний Кристофер Экклстон впервые стал отцом, у него родился сын Альберт.
