Родился 13 октября 1933 года в Москве. Его мать была актрисой, а впоследствии преподавала в детских драматических кружках. В детстве Марк много времени проводил со своей бабушкой, так как его отец был осужден и выслан из столицы, а мать отправилась вместе с ним. Только в 1943-м году родители Марка вернулись в Москву. С раннего детства будущий режиссер увлекался театром, активно посещал детские драмкружки, а после окончания школы поступил в ГИТИС на актерский факультет.
Первые серьезные роли Захаров начал играть уже на втором курсе института, после окончания которого был распределен в Пермский драматический театр. Там он активно оттачивал свои актерские навыки, принимал участие во множестве постановок и занимался другим творчеством, таким как рисование и написание стихов. В 1956 году начал увлекаться режиссурой. Его дебютной постановкой стал спектакль «Аристократы». Осознав свои хорошие перспективы в этой области, Захаров решил продолжить режиссерскую деятельность.
В 1959 году, после возвращения в столицу Марк был принят в театр имени Гоголя. Но в скором времени перешел в Эстрадный театр миниатюр, где работала его жена Нина Лапшинова. Там Захаров и начал в большом количестве писать сцены, диалоги и ставить спектакли. С некоторыми удачными своими спектаклями он даже выезжал за рубеж. В то же время Марк решил прекратить актерскую деятельность.
В 1965 году Захаров стал режиссером Московского театра сатиры, и первый же его спектакль «Доходное место» имел огромный успех. Однако по идеологическим соображениям этот спектакль вскоре запретили, а вместе с ним и следующий, названный «Банкет». Только благодаря поддержке Гончарова, возглавляющего на тот момент театр Маяковского, Марку удалось поставить спектакль «Разгром». А с 1973 года Захаров стал возглавлять театр Ленинского комсомола. Так, после назначения его главным режиссером наступил новый период расцвета этого театра, и вышел целый ряд успешных постановок, одной из наиболее ярких была рок-опера «Юнона и Авось», имевшая мировую популярность. В последующие годы благодаря стараниям Захарова театр «Ленком» стал одним из лучших в столице, где воспиталось несколько поколений известных актеров. Среди наиболее заметных постановок можно отметить «Тиль», «В списках не значился», «Иванов», «Жестокие игры», «Оптимистическая трагедия», «Три девушки в голубом», «Мудрец», «Чайка», «Варвар и еретик», «Мистификация», «Город миллионеров», «Ва-банк» и «Женитьба». Параллельно с театральной деятельностью Марк успешно работал в кинематографе и на телевидении. Практически все созданные им картины имели успех, начиная с дебютной ленты «Двенадцать стульев» с А. Мироновым в главной роли. Среди остальных ярких работ Захарова такие фильмы, как «Обыкновенное чудо», «Тот самый Мюнхгаузен», «Дом, который построил Свифт», «Формула любви» и «Убить дракона».
Кроме того, Марк Захаров уже длительное время занимается преподавательской деятельностью, преподавая режиссуру, и в настоящее время является профессором кафедры режиссуры РАТИ. Также ему принадлежит авторство ряда публикаций по проблемам театра, политики, общественной жизни и книг о проблемах современного театра «Контакты на разных уровнях», «Суперпрофессия», «Театр без вранья».
