Мераб Нинидзе родился 3 ноября 1965 года в Тбилиси.
Впервые на профессиональную театральную сцену Мераб попал в 1980 году, когда начинающему актеру исполнилось только 15 лет. Его дебют состоялся в спектакле «Ричард III», в котором он играл роль принца Эдварда, а постановщиком выступил известнейший режиссер Роберт Стуруа.
Высшее образование Мераб получил в Тбилисском театральном институте имени Шота Руставели, где он учился на актерском факультете у мастера Гизо Жордании.
Первая роль в кино у Мераба Нинидзе случилась в 1984 году в драме Тенгиза Абуладзе, «Покаяние», получившей Гран-при Каннского кинофестиваля.
С 1986 по 1991 год Нинидзе служил актером в Тбилисском драматическом театре имени Шота Руставели.
В 1992 году Мераб переезжает из Грузии в Великобританию, а с 1995 года живет и работает в столице Австрии, Вене, при этом продолжая активно сниматься в странах бывшего СССР, в том числе, и в России.
Среди самых заметных киноработ актера можно выделить роли в следующих фильмах: мелодраме «Лунный папа» (1999) с Чулпан Хаматовой и Морицом Бляйбтроем, получившая главный приз «Кинотавра», драме «Нигде в Африке» (2001), удостоенная премии «Оскар» в категории «Лучший фильм на иностранном языке», драмах Алексея Германа-мл. «Бумажный солдат» (2008) и «Под электрическими облаками» (2013), мелодраме Резо Гигинеишвили «Любовь с акцентом» и комедии с элементами фантастики «Ч/б» с Алексеем Чадовым и Сергеем Маковецким.
В 2015 году Мераб Нинидзе снялся в триллере Стивена Спилберга «Шпионский мост», главную роль в котором исполнил Том Хэнкс.
