Микаэл Нюквист рос в детском доме. В возрасте 17 лет отправился в США по обмену, где год жил в Омахе, штат Небраска. В Америке Микаэл начал брать первые уроки актерского мастерства. После возвращения в Швецию он поступил в балетную школу, но спустя год бросил обучение. В возрасте 24 лет поступил в театральную академию в Мальмо. После окончания учебы Микаэл Нюквист начал работать в театре.
Дебютировал в кино в 1982 году, сыграв в телефильме Бодила Мальмстена «Kamraterna» («Товарищи»). В 1987 году снялся в фильме «Jim och piraterna Blom», а в 1990 году отметился участием в телевизионной картине «Pass». Позднее фильмография актера пополнилась ролями в таких картинах, как «Sånt är livet» («Такова жизнь»), «Tic Tac» («Тик-Так»), «Waiting for the tenor» и «Breaking out». С 1997 по 1998 год Микаэл Нюквист играл Джона Бэнка в сериале «Beck» («Комиссар Мартин Бек»).
Первым прорывом для актера стало участие в ленте 2000 года «Together» («Вместе») режиссера Лукаса Мудиссона. Фильм имел большой интернациональный успех и принес Нюквисту номинацию на премию «Guldbagge» в категории «Лучший актер».
В 2001 году артист засветился в драме Дэна Йинга «Hem ljuva hem» («Дом, милый дом»). В 2002 году сыграл Бенни в романтической комедии «The Guy in the Grave Next Door» («Парень из соседней могилы»). Роль в этой картине принесла артисту награду «Guldbagge» в номинации «Лучший актер». В 2004 году Микаэл Нюквист исполнил ведущую партию в драме Кая Поллака «Så som i himmelen» («Как на небесах»). Лента была номинирована на премию «Оскар» в категории «Лучший иностранный фильм». Позднее фильмография Нюквиста пополнилась ролями в таких фильмах, как «Naboer» («Другая дверь»), «Äideistä parhain» («Моя лучшая мама»), «Underbara älskade» («Внезапно»), «Black Pimpernel» («Черная гвоздика») и «Downloading Nancy» («Скачивая Нэнси»).
В 2009 году Микаэл Нюквист сыграл Микаэля Блумквиста в триллере по роману Стига Ларсона «Män som hatar kvinnor» («Девушка с татуировкой дракона»). Фильм собрал в мировом прокате $103 778 666 при бюджете в $13 000 000. Артист вернулся к образу Блумквиста в двух сиквелах – «Flickan som lekte med elden» («Девушка, которая играла с огнем») и «Luftslottet som sprängdes» («Девушка, которая взрывала воздушные замки»).
