Параллельно с работой в театре Наталья Коляканова училась на заочном отделении ГИТИСа, на актёрско-режиссёрском курсе Анатолия Васильева. В 1993 году Наталья окончила ГИТИС и поступила в труппу театра «Школа драматического искусства», которым руководил Анатолий Захаров. Наталья Коляканова проработала на сцене этого театра одиннадцать лет. За всё это время актриса сыграла в многочисленных постановках и спектаклях. Она оставила театр в 1998 году, и, по её признаниям, все эти годы театр был самой большой её страстью.
В начале 90-х годов Наталья Коляканова начала сниматься в кино. В 1990 году актриса приняла участие в съёмках картины Павла Лунгина «Такси-Блюз». В том же году актриса снялась ещё в двух кинофильмах, это были роли в драме «Ленинград. Ноябрь» Олега Морозова и Андреаса Шмидта, и в ретро-драме «Похороны Сталина» Евгения Евтушенко. После этих ролей на актрису сразу же обратили внимание другие режиссёры. В последующие годы Наталья Коляканова снялась в картинах «Анна Карамазофф», «Некрасивая», «Новый Одеон», «Прорва», «То, что важнее всего». Актриса сыграла роль Али в картине «Принципиальный и жалостливый взгляд» Александра Сухочева, сценарий для фильма написала Рената Литвинова.
На сегодняшний день Наталья Коляканова, как и прежде, снимается в кино не очень часто. Среди последних фильмов с её участием можно отметить следующие картины: «Москва», «Свадьба», «Дневник камикадзе», «Олигарх», «Слушатель».
