Изначально Пол был известен как успешный фотограф. Тогда он работал в крупнейшем шотландском городе Глазго. Первыми режиссерскими работами были несколько рекламных роликов и ряд документальных фильмов, показанных на местном телевидении. Среди них были совершенно разноплановые ленты. МакГиган снимал сюжеты о детях и воспитании, о религии и верующих, о спорте, в частности, о футболе, о больных СПИДом людях.
В 1998 году режиссер подготовил короткометражный фильм «Общее дело Грэнтон Стар». Сюжет был основан на произведении популярного шотландского писателя Ирвина Уэлша, наиболее известного благодаря своему роману «На игле». За эту ленту МакГиган получил премию Королевского телевизионного общества как новичок кинематографа. Первый успех вдохновил режиссера на создание двух дополнительных короткометражных историй - «Рохля» и «Кислотный дом», продолжавших направление первой части. Сценаристом к фантастическому фильму выступил сам Ирвин. Он же был задействован в качестве актера в одной из частей трилогии. Полнометражная работа «Кислотный дом» была удостоена приза «Италия», награды на Стокгольмском кинофестивале, Гран-при на Европейском смотре фантастических фильмов, была названа лучшей на Нью-Йоркском фестивале, а также в 1999 году завоевала «AMC Приз зрительских симпатий» и Grand Prize of European Fantasy Film in Silver.
В 2000 году на экраны вышла вторая полнометражная режиссерская работа МакГигана - криминальная драма «Гангстер №1». Картина рассказывала о Гангстере 55, давней мечтой которого было стать первым в преступном мире. Главные роли исполнили Малкольм Макдауэлл, Пол Беттани и Дэвид Тьюлис. Кинокритики встретили изобилие сцен насилия в картине с осуждением, но остались довольны игрой актеров и оценили авторский стиль режиссера.
Через три года МакГиган вновь пригласил к сотрудничеству англичанина Пола Беттони для работы над драмой «День расплаты». Картина была снята по роману «Пьеса с моралью», принадлежащему лауреату Букеровской премии Барри Ансворту. Помимо Пола в фильме приняли участие Уильям Дефо и Венсан Кассель. В 2004 году зрители увидели новую работу режиссера – драматический триллер «Одержимость». Лента стала ремейком фильма 1996 года «Квартира», в котором главные роли были исполнены парой Венсан Кассель и Моника Беллуччи. На этот раз героями стали американец Джош Хартнетт, немка Дайан Крюгер и австралийка Роуз Бирн.
Наибольший успех пришел к Полу в 2006 году вместе с выходом на экраны американского криминального триллера «Счастливое число Слевина». Премьера прошла на кинофестивале «Санденс». Джош Хартнетт в поисках интересных образов и нетривиальных сюжетных линий плавно перебрался из одного режиссерского проекта в другой. Вместе с ним роли в фильме исполнили Бен Кингсли, Морган Фриман, Брюс Уиллис и Люси Лью. Сценарий был написан малоизвестным Джейсоном Смиловичем. Как позднее признался в одном из интервью МакГиган, сценарий был переслан автором напрямую агенту Пола и долгое время пролежал под кроватью. Но зато, как только режиссер начал чтение, сюжет захватил и завертел его. Стало моментально понятно, что он может стать основой для великолепного фильма. Также МакГиган заметил, что хороший сценарий сам привлек к себе замечательных актеров. Так, например, Брюс Уиллис, узнав о предстоящей работе, самостоятельно позвонил режиссеру и предложил свою кандидатуру на роль Доброго Кота. Картина была названа лучшим фильмом и выиграла приз зрительских симпатий на Миланском международном кинофестивале.
В 2010 году МакГиган взялся за работу над телесериалом «Шерлок». Авторами проекта стали Марк Гэтисс и Стивен Моффат, известные по работе над культовым сериалом «Доктор Кто». На роли Шерлока Холмса и Джона Ватсона после долгих исканий были приглашены Бенедикт Камбербэтч и Мартин Фримен. «Шерлок» был назван лучшим драматическим сериалом по итогам 2011 года.
