Родился 21 августа 1955 года в Олонце, одном из старейших городов северной России, расположенном в Карело-Финской ССР у слияния рек Олонка и Мегрега. Отец Сережи был летчиком-истребителем, которым сын очень гордился. Именно поэтому в раннем детстве мальчик мечтал быть похожим на папу и тоже стать летчиком. Немного повзрослев, он захотел быть писателем, а еще позднее – кинематографистом. Уже к седьмому классу, к тринадцати годам, Сельянов определился с выбором, который многие люди не могут сделать на протяжении жизни. Семья много переезжала с место на место. Как позднее Сергей рассказал в одном из интервью, его сестра, например, сменила на своем веку четырнадцать школ. Став старше и окончив школу, Сельянов поступил в Тульский политехнический институт и там же возглавил любительскую киностудию. Позднее он поступил на сценарный факультет во Всероссийский государственный университет кинематографии имени С. А. Герасимова, где учился в мастерской Н. Фигуровского. В 1989 году Сергей окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров и стал выпускником мастерской Ролана Быкова.
Полнометражной дебютной работой Сельянова стала комедийная драма «День ангела», созданная на пару с Николаем Макаровым в 1980 году по одноименному произведению Михаила Коновальчука. Этот фильм снимался подпольно на деньги Сергея, и во многом противоречил политике партии. Создалось мнение, что лента стала первым опытом независимого кино в Советском Союзе. Зрители увидели картину только спустя восемь лет после ее создания в 1988 году. Второй режиссерской работой Сельянова стала мистическая драма «Духов день», вышедшая в 1990 году. На этот раз фильм снимался вполне легально на киностудии «Ленфильм». Главную роль в нем исполнил музыкант, поэт и композитор Юрий Шевчук, положив начало новому, актерскому, направлению в своей карьере.
В 1992 году Сергей основал в Санкт-Петербурге кинокомпанию «СТВ», ее задачей стало производство и продвижение новых отечественных фильмов. С «СТВ» начали сотрудничать многие режиссеры, среди которых были Алексей Балабанов, Сергей Бодров старший и его сын, Александр Рогожкин, Павел Лунгин, Филипп Янковский и многие другие. В 1994 году Сельянов попробовал свои силы в написании сценария. В результате совместной работы с Алексеем Балабановым из-под пера авторов вышла драма, основанная на одноименном незавершенном романе Франца Кафки «Замок». В следующем году Сергей срежиссировал драму «Время печали еще не пришло». Лента была удостоена премии Promotional Award на МКФ в Котбусе. Позднее Сельянов стал продюсером у большого числа популярных отечественных фильмов. Он работал с Александром Рогожкиным над картинами «Операция "С Новым годом! "», «Блокпост» и «Особенности национальной рыбалки», с Алексеем Балабановым над культовым фильмом «Брат» и его сиквелом «Война», над «Жмурками» и «Морфием»; с Сергеем Бодровым младшим над драмой «Сестры» и мистическим фильмом «Связной», не завершенным по причине трагической гибели почти всей съемочной группы в чеченском Кармадонском ущелье.
