Был рожден 20 января 1952 года в Алтайском крае. Мальчишкой он желал стать лётчиком или археологом. Однако получив среднее образование он начал трудиться в должности художника-конструктора на тракторном заводе, а через какое-то время ушёл в армию. Вернувшись на гражданку Хотиненко поступил в Архитектурный институт в Свердловске, во время учёбы в котором даже отправлялся на археологические раскопки. Благополучно завершив учёбу в 1976 году он стал художником-постановщиком на Свердловской киностудии. Тут стоит отметить такой момент, что в армии Владимир служил вместе с Никитой Михалковым и именно он вдохновил Хотиненко на кинематографическую деятельность. В те годы Владимир работал над такими фильмами как «Дым отечества» и «Казачья застава», в котором кроме того сыграл небольшую роль. Также в качестве актёра в 1981 году он отметился в картине Михалкова «Родня». В том же году он окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров, где учился в мастерской Михалкова, у которого впоследствии и стал работать ассистентом режиссёра при съёмке нескольких фильмов.
Первой режиссёрской работой Хотиненко стала в 1984 году лента «Один и без оружия». А уже спустя три года к нему пришла первая широкая известность благодаря картине «Зеркало для героя». Эта работа получила высокие оценки критиков и пользовалась большим вниманием у зрителей. Затем на экраны вышли его ленты «СВ. Спальный вагон», «Рой» и «Патриотическая комедия». Очередная волна популярности пришла к Владимиру в середине 90-х за счёт картин «Макаров» и «Мусульманин», которые мало кого могли оставить равнодушным. Не забрасывал Хотиненко и актёрскую деятельность, периодически его можно было видеть исполняющим роли в фильмах «За кем замужем певица?» и «Самолет летит в Россию». 2000-е годы для режиссёра выдались плодотворными на исторические сериалы, среди которых «Гибель Империи», «Паломничество в Вечный город» и «Достоевский». При этом в двух из них он также выступил как актёр. Одной из ярчайших работ Хотиненко стала в 2004 году историческая лента «72 метра», повествующая о трагической судьбе двух моряков, которые влюблены в одну девушку и оказались вместе в одной затонувшей подводной лодке. Музыку к это картине написал знаменитый композитор Эннио Морриконе. Ещё одним интересным проектом стала очередная увлекательная картина «1612», которая вернула зрителей в давно ушедшие смутные времена в истории отечества.
Уже многие годы Хотиненко состоит в браке. Вместе с женой Татьяной они воспитали дочь и двух сыновей, один из которых от первого брака его жены. В настоящее время Владимир заведует кафедрой режиссуры во ВГИКе.
