Родился 14 мая 1962 года в Риме. Его отец – известный режиссер и сценарист Джон Хьюстон, а мать - актриса Зоя Саллис. Родители не были женаты. Детство Дэнни прошло в Ирландии и Лондоне. Его сестра Анджелика впоследствии также стала актрисой, а брат Тони – актером и сценаристом. Уже в ранние годы Дэнни под руководством отца пробовал снимать небольшой видеокамерой, но больше в тот период его привлекали искусство и живопись. Однако впоследствии он решил-таки связать свою жизнь с кино.
Благодаря имени отца многие двери в киноиндустрии для Дэнни были открыты. Так, уже в 1985-м году он снял свой первый фильм Santa Claus: The Making of the Movie, а спустя пару лет вышли телевизионные ленты Bigfoot и Mister Corbett's Ghost. В течение следующего десятилетия Хьюстон в качестве режиссера работал еще над четырьмя картинами, которые прошли практически незамеченными.
Однако судьба Дэнни сложилась так, что он стал актером, а не режиссером. Сперва в 1995-м году он сыграл эпизодическую роль в мелодраме «Покидая Лас-Вегас» с Николасом Кейджем в главной роли. Затем с его участием вышла экранизация произведения Льва Толстого «Анна Каренина». Чуть позднее Хьюстон сыграл в драме «Тайм-код», а также в комедиях «Отель» и «Коварный план Сьюзан».
Но наибольшую популярность ему принесла главная роль в фильме «Иван под экстази», снятой по мотивам произведения Льва Толстого «Смерть Ивана Ильича». Фильм был номинирован на ряд наград, в том числе самому Дэнни досталась номинация как лучшему актеру. Предложения об участии в новых проектах поступали к актеру все активней, и в начале 2000-х годов он снялся в военной драме «Рай», драме «Вакханки», триллере «Серебряный город» и криминальной драме «Предложение». Большой успех ждал картину «21 грамм», где его партнерами по съемочной площадке стали Шон Пенн и Наоми Уоттс. Также Дэнни отметился в блокбастере Мартина Скорсезе «Авиатор» с Леонардо ДиКаприо в главной роли. Другими заметными картинами с его участием стали «Преданный садовник», «Возвращение», «Уход в черное», «Крейцерова соната», «Люди Х: Начало. Росомаха», «Путь воина» и «Битва Титанов». А среди последних работ актера можно отметить фильмы «Медальон» и «Хичкок».
