Впервые на экране МакГоверн появилась в 1980 году в фильме «Обыкновенные люди» Роберта Редфорда. В этой психологической драме актриса сыграла с такими звёздами, как Дональд Сазерленд, а также Мэри Тайлер Мур.
В 1981 году за роль в картине Милоша Формана «Регтайм» Макговерн получила номинацию на премию Американской киноакадемии «Оскар» в качестве лучшей актрисы второго плана.
После первых успешных ролей талант Элизабет привлёк к себе внимание культового режиссёра Серджио Леоне, который в результате доверил актрисе роль Деборы Гели в знаменитом фильме «Однажды в Америке» 1983 года. В этом фильме партнёрами МакГоверн стали Роберт де Ниро и Джеймс Вудс.
В конце восьмидесятых годов Элизабет МакГоверн сыграла главные роли сразу в нескольких картинах: «Наперегонки с луной», «Пуаро», «Байки из склепа», «Окно спальни» и, наконец, «Красавчик Джонни» с Микки Рурком.
В начале девяностых количество предложений от режиссёров не уменьшилось, уже в 1990 году актриса сыграла Стелу Андерсен в комедии «Удар по системе» Жана Эглсона. В том же году вышли такие фильмы с участием Элизабет МакГоверн, как «Послушайте завтра», «Женщины и мужчины – история соблазнений», «Сказки Голливуда», «История служанки». Снятая в 1990 году картина «Услуга» была срочно выпущена в прокат после того, как резко выросла популярность Брэда Питта (в этом фильме он сыграл, правда, второстепенную роль, а главные достались Харли Джейн Козак и МакГоверн).
Впоследствии Элизабет много работала в театре «Делакорте», поэтому в кино снималась мало. Единственным масштабным проектом, в котором она снялась в 21 веке, была «Битва титанов» Луи Летерье (2010 год).
В настоящее время Элизабет МакГоверн проживает в Лондоне.
