Евгений родился в семье акушера-гинеколога и сотрудника городского комитета по культуре 17 февраля 1978 года в Новосибирске. В юности Евгений увлекался игрой в КВН, поэтому размышлял над тем, чтобы в будущем выбрать профессию актера. Впрочем, он также хотел стать лингвистом. Однако к выпускному классу окончательно определился.
Сибиряк отправился в Москву, где поступил в Российскую академию театрального искусства (ГИТИС). В 21 год Евгений получил диплом актера и вернулся в родной Новосибирск. Миллер начал выступать на сцене молодежного театра «Глобус». Поскольку кино в Новосибирске практически не снималось, то на карьеру в кинематографе Евгений почти не рассчитывал. Сосредоточившись на театральной деятельности, актер добился успеха на этом поприще. Так, в 2002-ом году 24-летний Евгений Миллер удостоился театральной премии «Парадиз» как лучший актер драматического спектакля – за роль в антрепризе «Старший сын». Через три года 27-летний Миллер отправился в Москву, где поступил в Театр им. Н.В. Гоголя. Первым сыгранным на столичной сцене спектаклем Евгения стала пьеса «Бешеные деньги». Спустя два года столичной жизни, Евгений перешел в Московский театр под руководством Олега Табакова. «До того как я пришел в «Табакерку», у меня за плечами был уже хороший послужной список ролей и хорошая актерская школа», – говорит Евгений.
В кино Евгений дебютировал только в 28 лет. В 2006-ом году он снялся в телесериале «Осторг. Дело Федора Сеченова», где действие разворачивается вокруг убийства начальника следственного изолятора. Миллер сыграл в сериале эпизодическую роль. Тогда же он появился в другом проекте на тюремную тематику – «Тюрьма особого значения» (2006), посвященном колонии для помилованных убийц, которая расположилась в стенах бывшего монастыря на северном краю. Затем актер регулярно мелькал в разных телесериалах - «Аэропорт 2» (2006), «Папа на все руки» (2006 – 2007), «Кружева» (2008), «Человек без пистолета» (2008), «Человек с бульвара КапуциноК» (2009), «Все ради тебя» (2010) и других.
Первую заметную роль он сыграл в мелодраме «Метель» (2010). В этой драме Евгений работал вместе с Оксаной Акиньшиной и Ильей Оболонковым. Миллер воплотил роль обольстительного Григория Алексеевича. В том же году Евгений снимался на одной площадке с Маратом Башаровым в мини-сериале «Назад в СССР» (2010).
В 33 года Евгений Миллер впервые сыграл главную роль в кино – в телефильме «Двойная сплошная Любовь» (2011) он вместе с Алексеем Чадовым показывает взгляд мужчины на отношения с женщинами. В том же году он появился в главной роли в сериале Тиграна Кеосаяна «Ялта – 45» (2011). Миллер сыграл ялтинского следователя Жору Макарова, выискивающего диверсантов, готовящих теракт к одному очень важному дню прибытия в город антигитлеровской коалиции. Актер настолько приглянулся режиссеру Кеосаяну, что Тигран снимает его на следующий год в своей новой картине – мини-сериале «Три товарища» (2012). В этом фильме о дружбе Евгений сыграл вместе с Надеждой Михалковой, Алексеем Серебряковым, Ларисой Гузеевой и другими известными актерами. Да и сам Евгений вскоре приобрел статус «знаменитого актера». Начиная с 2011-ого года, Евгений становится главным героем телесериалов («Без следа», «Убить Сталина» и пр.).
Евгений женат на актрисе Юлии Ковалевой.
