Актер родился 15 августа 1974 года в городе Лексингтоне штата Кентукки (США). Свою театральную карьеру он начал в 1993 году в Чикаго и помогал в основании театра A Red Orchid Theatre. Его дебютом на большом экране стал комедийный фильм «День сурка» 1993 года, где он сыграл жениха. Затем в 1996 году были съемки фильма «Цепная реакция» с Киану Ривзом в главной роли.
В 1999 году на экраны вышла картина «Сын Иисуса». В этом же году Майкл Шеннон сыграл Джимми в фильме «Родео» («The Ride»). В 2000 году его персонажем стал сержант Филмор в военной драме «Страна тигров». Затем были съемки в культовом черном комедийном фильме «Безумный Сесил Б.». В этом же году вышел фильм «Mullitt».
В 2001 году Майкл Шеннон принял участие в работе над психологическим триллером «Ванильное небо» режиссера Кэмероан Кроу, где сыграл Аарона. В роли Джона Стентона Шеннон появился в драматическом фильме «Бросая вызов». В военном фильме «Перл-Харбор» Майкл выступил в роли второстепенного актера, лейтенанта Гуза Вуда, а главные роли сыграли Алек Болдуин, Бен Аффлек и Кейт Бекинсейл. Несмотря на негативные отзывы о фильме, он собрал по всему миру 449 220 945 $. Картина была номинирована на премию Оскар в четырех категориях и получила одну за «Лучший звуковой монтаж».
В 2002 году вместе с Ким Бесинджер, Бриттани Мерфи и рэпером Eminem Майкл Шеннон снялся в драме о хип-хоп культуре под названием «Восьмая миля». В этом же году он снялся в роли Троя Эббота в триллере «Особо тяжкие преступления».
Одна из главных ролей, Ларри Остер Берг, досталась Майклу в картине «Похищение Парсона» 2003 года. В 2006 году Шеннон получил роль лидера тюремной группировки, Линарда, в комедийном фильме «В тюрьму».
С 2010 года Майкл снимается в сериале «Подпольная империя» в роли Нельсона Ван Алдена. В 2012 вышел фильм «Человек из стали», где Шеннон играет Генерала Зода. Кроме того, Майкл постоянно играет в театре. В настоящее время он работает в постановке Нью-Йоркского театра под названием «Mistakes Were Made».
