Юэн Гордон МакГрегор родился 31 марта 1971 года в Шотландии, в городке Крифф. Несмотря на то, что его отец был простым учителем физкультуры, а мать – педагогом у детей-инвалидов, родословная Юэна весьма знатная. Родоночальником МакГрегоров является сын короля скоттов Кеннета I. Юэн Гордон с детства ходил в воскресную школу, где впервые выступил на подмостках в постановке библейских сюжетов. Он также играл на валторне, барабане и ударных. Актерство манило юного МакГрегора, особенно когда он смотрел фильмы с участием своего родного дяди Дениса Лоусона, который является актером и режиссером.
В школе Юэн учился плохо, его постоянно сравнивали с братом-отличником. В 16 лет парень бросил школу и укатил в Перт, где пытался устроиться в театр. Но его приняли только как технического работника. Промыкавшись полгода на грязной работе, Юэн понял, что учиться все-таки надо, и поступил в колледж Керколди, чтобы постигать драматическое искусство. Затем 18-летний МакГрегор рванул в Лондон и поступил в Школу музыки и драмы Гилдхолла, где проучился три года.
В 22 года актер, наконец, дебютировал на телевидении, получив две ведущие роли в мини-сериалах: рядового в проекте «Губная помада на твоем воротничке» (1993) и Жюльена Сореля в одноименной экранизации «Красное и черное» Стендаля. Еще через год Юэн снялся в небольшой роли моряка в драме «Быть человеком» (1994). По-настоящему для киномира МакГрегора открыл начинающий режиссер Дэнни Бойл, который снял актера в триллере «Неглубокая могила» (1994). За эту игру актер удостоился своей первой премии от популярного журнала Empire. После он снялся в нескольких менее заметных работах, а на съемках сериала «Kavanagh QC» познакомился с художником-декоратором Ив Мавракис, которая стала его женой и матерью его дочерей.
Массовая популярность пришла к актеру уже в 25 лет, когда все тот же Дэнни Бойл позвал его на главную роль в экранизацию культового романа Ирвина Уэлша «На игле» (1996). За роль отвязного наркомана Юэн удостоился премии BAFTA, что мгновенно возвысило его над другими начинающими коллегами. В том же году актер появился в другом независимом проекте – драме Питера Гринуэя «Интимный дневник» (1996), где сыграл бисексуала. Последующие работы не имели успеха. Так, третий совместный проект с режиссером Бойлом - «Менее привычная жизнь» (1997) - не окупился в прокате. Но Юэн все равно с одинаковым интересом снимается как в голливудских проектах, так и у независимых режиссеров. В 1998-ом он появился у «независимых»: Тодда Хейнса в картине «Бархатная золотая жила» и у Марка Хермана в драме «Голосок». А через год сыграл джедая Оби-Вана Кеноби в кассовом хите «Звездные войны: Эпизод 1 - Скрытая угроза» (1999) (позже он участвовал во всех продолжениях ленты).
Любовь миллионов женщин принесла ему роль нищего поэта, влюбленного в героиню Николь Кидман, в мюзикле «Мулен Руж» (2001). А за роль писателя-неудачника в драме «Молодой Адам» Юэн получил вторую премию BAFTA. В 2004 году актер вместе с коллегой и другом Чарли Бурманом совершил кругосветное путешествие на мотоциклах и снял документальный фильм об этом «Долгая дорога вокруг света». Среди других его наиболее популярных фильмов – «Крупная рыба», «Остров», «Останься», «Мечта Кассандры». В 2004-ом актер стал послом доброй воли ЮНИСЕФ, а в 2006-ом удочерил девочку из Монголии. Юэн жертвует часть гонораров на нужды больных детей, ведь когда-то у него самого диагностировали страшную болезнь (рак кожи), но он победил ее в 2008-ом