Тоби появился на свет в семье актеров Дженнифер Хеслевуд и Фредди Джонса. Вместе со своим отцом актер снялся в фильме «Ladies in Lavender» («Дамы в лиловом»). У Тоби есть брат, режиссер Руперт Джонс.
В начале восьмидесятых Тоби Джонс поступил в Abingdon School in Oxfordshire, где учился вместе с актером Томом Холладером (Tom Hollander) и будущими участниками группы «Radiohead». С 1986 по 1989 года Джонс изучал драматическое искусство в Университете Манчестера.
Кинокарьера артиста стартовала в 1992 году с роли в мелодраме Сэлли Поттер «Orlando» («Орландо»). Спустя год появился в картине Майк Ли «Naked» («Обнаженная») и короткометражке «Dropping the Baby».
В середине девяностых он принял участие в телесериалах «Lovejoy» («Лавджой») и «Cadfael» («Брат Кадфаэль»).
В 1998 году на экраны вышли сразу три полнометражных фильма с участием актера: «Les misérables» («Отверженные»), «Cousin Bette» («Кузина Бетта») и «EverAfter» («История вечной любви»). В 1999 году Toby Jones исполнил британского судью в исторической ленте Люка Бессона «Joan of Arc» («Жанна Д’Арк»).
В 2000 году снялся в комедии «Hotel Splendide» («Отель “Сплендид”»). Затем фильмография актера пополнилась работами в нескольких телефильмах: «Victoria & Albert» («Виктория и Альберт»), «Way We Live Now» («Дороги, которые мы выбираем») и «In Love and War» («В любви и войне»).
В экранизации романа Джоан Роулинг «Harry Potter and the Chamber of Secrets» («Гарри Поттер и тайная комната») Джонс озвучил Эльфа. В 2004 году актер отметился ролями в мелодраме Чарльза Дэнса «Ladies in Lavender» («Дамы в лиловом») и семейной картине Марка Форстера «Finding Neverland» («Волшебная страна»).
В 2006 году Тоби Джонс исполнил главную роль в фильме «Infamous» («Дурная слава»). В том же году принял участие в мелодраме «Amazing Grace» («Удивительная легкость») и драме «Painted Veil» («Разрисованная вуаль»).
Позднее фильмография Тоби Джонса пополнилась ролями в картинах «Mist» («Мгла»), «City of Ember» («Город Эмбер: побег»), «W» («Буш»), «Frost/Nixon» («Фрост против Никсона»), «Rite» («Обряд»), «Your Highness» («Храбрые перцем») и «Captain America: The First Avenger» («Капитан Америка: Первый мститель»).